Reconocimiento molecular e implicaciones inmunofarmacológicas de la serratiopeptidasa dirigida a los péptidos potenciadores de la bradicinina del veneno de serpiente

Los péptidos potenciadores de la bradicinina (BPP), presentes en el veneno de serpiente, son conocidos por modular las funciones cardiovasculares, pero su susceptibilidad a la degradación enzimática sigue siendo poco comprendida.

Se generaron modelos mediante AlphaFold-Colab para cinco BPP pequeños (< 9 aminoácidos) que no disponían de estructuras resueltas experimentalmente, y aquellos BPP que presentaron predicciones estructurales fiables (pLDDT > 80) se utilizaron para los estudios de acoplamiento. Los experimentos de acoplamiento proteína-péptido se llevaron a cabo mediante HADDOCK para estudiar la interacción entre la serratiopeptidasa de tipo silvestre (WT) y la mutante con los BPP. Tras seleccionar el mejor complejo, se realizó la simulación del mismo mediante simulaciones de dinámica molecular (MD) durante 100 ns y la determinación de la energía de unión mediante análisis MM/PBSA. Para verificar la estabilidad mecánica de los complejos proteína-péptido, se llevó a cabo una MD dirigida.

El acoplamiento molecular mediante HADDOCK identificó al BPP-4 como un ligando favorable tanto para la serratiopeptidasa silvestre (WT) como para la mutante, respaldado por una puntuación de HADDOCK de -109.1 ± 5.2 y violaciones mínimas de las restricciones. Las simulaciones de dinámica molecular (MD) revelaron una mayor estabilidad en el complejo mutante, sustentada por enlaces de hidrógeno persistentes, una reducción en las fluctuaciones de RMSD/RMSF, un muestreo conformacional restringido en el PCA, contribuciones energéticas favorables de MM/PBSA y un conjunto conformacional más estable en el análisis de clústeres. La simulación de dinámica molecular dirigida (Steered MD) mostró una fuerza de ruptura más alta en el complejo mutante BPP-4-serratiopeptidasa en comparación con el WT.

El análisis computacional identificó al BPP-4 como un péptido prometedor de unión a la serratiopeptidasa, con diferencias en la afinidad de unión y la estabilidad mecánica entre los complejos WT y mutantes. Los resultados ofrecen una perspectiva del reconocimiento BPP-serratiopeptidasa a nivel molecular y sientan las bases para futuros experimentos sobre la unión de péptidos.