Los genes relacionados con la disulfidoptosis y los ARN no codificantes largos definen un modelo pronóstico para el...

El cáncer de hígado es una neoplasia maligna prevalente con una alta mortalidad. Debido a la capacidad del hígado para ocultar los tumores hasta etapas avanzadas, a menudo resulta difícil detectarlos prematuramente. Este estudio investigó una forma de muerte celular recientemente descubierta, la disulfidptosis, y su valor pronóstico para el cáncer de hígado mediante el análisis de genes relacionados con la disulfidptosis y ARN no codificantes largos (lncRNAs).

Se analizaron datos de 406 casos de cáncer de hígado y 58 casos normales obtenidos de la base de datos The Cancer Genome Atlas (TCGA) mediante los softwares R y Perl para realizar análisis de expresión diferencial, análisis de supervivencia y análisis de regresión de Cox. Los genes candidatos se validaron posteriormente utilizando las bases de datos Human Protein Atlas (HPA) y Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium (CPTAC). Se utilizó la reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa en tiempo real (RT-qPCR) para verificar la expresión del ARN mensajero (ARNm) de los genes candidatos en líneas celulares de cáncer de hígado. Se llevó a cabo un análisis de coexpresión para identificar lncRNAs relacionados con la disulfidoptosis y se construyó un modelo de riesgo pronóstico mediante regresión LASSO-Cox (least absolute shrinkage and selection operator). El rendimiento predictivo del modelo se evaluó mediante validación de cohorte interna, curvas características operativas del receptor (ROC) dependientes del tiempo, el índice de concordancia (C-index) y un nomograma pronóstico.

Inicialmente, se analizaron 113 genes relacionados con la disulfidptosis, entre los cuales 45 mostraron resultados significativos. Tras el análisis de regresión de Cox, se conservaron 26 genes, y se detectaron 739 lncARNs coexpresados con estos genes. Seis genes relacionados con la disulfidptosis (AAAS, IPO7, NCKAP1, PCBP2, RNH1,ySMPD4) se identificaron como factores pronósticos independientes. La expresión a nivel de proteína de estos genes se validó utilizando los conjuntos de datos HPA y CPTAC. Los resultados de RT-qPCR demostraron queNCKAP1,PCBP2,RNH1ySMPD4se expresaron altamente en líneas celulares de cáncer de hígado (MHCC97-L, MHC97-H y HCC-LM3) en contraste con hepatocitos normales (THLE2). Se construyó además un modelo pronóstico basado en una puntuación de riesgo de lncRNA. Se seleccionaron tres lncRNA fundamentales para construir la firma pronóstica. Esta firma estratificó eficazmente a los pacientes en grupos de alto y bajo riesgo con resultados de supervivencia distintos y se confirmó como un indicador pronóstico independiente.

Este estudio sugirió que estos seis genes podrían servir potencialmente como indicadores pronósticos valiosos para el cáncer de hígado, y que el marco de evaluación de riesgos desarrollado mediante lncRNAs correlacionados podría ayudar en la evaluación clínica y el tratamiento personalizado del cáncer de hígado.