ベータターンディスプレイのための最小限のペプチド・スキャフォールド: ディスルファイド・サイクライズされたベータ・ヘアピンにおける鎖の位置を最適化
A G Cochran1, R T Tong, M A Starovasnik
1Departments of Protein Engineering and Bioorganic Chemistry, Genentech, Inc., 1 DNA Way, South San Francisco, California 94080, USA. andrea@gene.com
Journal of the American Chemical Society
|July 18, 2001
まとめ
研究者らは,ペプチドライブラリをファグに表示するための安定したベータヘアピン・スキャフォルドを開発した. この画期的な発見は,新しいリガンドの進化のための構造-活性関係の定義を簡素化します.
科学分野:
- バイオケミストリー バイオケミストリー
- 分子生物学は分子生物学である.
- 構造生物学 構造生物学とは
背景:
- フェーグの表示は,ペプチドリガンドの進化に不可欠ですが,ペプチドの構成的好みを理解することは困難です.
- ペプチドの構造-活性関係を定義することは,よく理解されていない構成規則のために困難です.
研究 の 目的:
- ディスルファイド制約ベータヘアピンスの構造的安定性を研究する.
- ベータ・ターンを表示するための支架としてベータ・ヘアピンを評価する.
- ペプチド構造-活性関係を定義するプロセスを簡素化します.
主な方法:
- 19個のペプチドの折りたたみの相対的な自由エネルギーが,試管として二硫化物形成を用いて測定された.
- 核磁共振 (NMR) を使用してペプチド構造を分析した.
- 異なる回転配列を持つペプチドにおける研究された鎖置換.
主要な成果:
- トリプトファンの置換により,ベータ-ヘアピン折り畳みの安定性が著しく向上しました.
- NMRデータは,測定されたエネルギーとベータヘアピン構造の強い相関性を確認しました.
- ターンとストランド・ストランド相互作用の安定への独立した貢献を示し,自由エネルギー関係の線形を特定した.
- 天然のL-アミノ酸を使って,非常に安定した,小さなベータヘアピン・スキャフォルドを開発しました.
結論:
- 構造化されたベータターン・スキャフォードは,ファグディスプレイ用に成功裏に開発されました.
- この支架は,ペプチドライブラリを表示するのに適した,制限された形状の多様性を表しています.
- この発見は,ペプチド進化における構造-活性関係の定義を簡素化する.
関連する概念動画
Protein Organization
Overview
Protein Folding
Overview
Protein and Protein Structure
Proteins are one of the most abundant organic molecules in living systems and have the most diverse range of functions of all macromolecules. Proteins may be structural, regulatory, contractile, or protective. They may serve in transport, storage, or membranes; or they may be toxins or enzymes. Their structures, like their functions, vary greatly. They are all, however, amino acid polymers arranged in a linear sequence.
A protein's shape is critical to its function. For example, an enzyme can...
A protein's shape is critical to its function. For example, an enzyme can...
Amyloid Fibrils
Amyloid fibrils are aggregates of misfolded proteins. Under most circumstances, misfolded proteins are either refolded by chaperone proteins or degraded by the proteasome. However, in the case of a mutation or a disease, these proteins can accumulate to form large clusters and often further assemble to form elongated fibers, called fibrils.
Amyloid deposits were observed as early as 1639 in the liver and the spleen. In 1854, Rudolph Virchow performed iodine staining, normally used to...
Amyloid deposits were observed as early as 1639 in the liver and the spleen. In 1854, Rudolph Virchow performed iodine staining, normally used to...
Single-Strand DNA Binding Proteins
For successful DNA replication, the unwinding of double-stranded DNA must be accompanied by stabilization and protection of the separated single strands of the DNA. This crucial task is performed by single-strand DNA-binding (SSB) proteins. They bind to the DNA in a sequence-independent manner, which means that the nitrogenous bases of the DNA need not be present in a specific order for binding of SSB proteins to it. The binding of SSB proteins straightens single-stranded DNA (ssDNA) and makes...
Protein Folding
Proteins are chains of amino acids linked together by peptide bonds. Upon synthesis, a protein folds into a three-dimensional conformation, critical to its biological function. Interactions between its constituent amino acids guide protein folding, and hence the protein structure is primarily dependent on its amino acid sequence.
Protein Structure Is Critical to Its Biological Function
Proteins perform a wide range of biological functions such as catalyzing chemical reactions, providing...
Protein Structure Is Critical to Its Biological Function
Proteins perform a wide range of biological functions such as catalyzing chemical reactions, providing...


