5テート-ブチルプロリルタイプVIベータターンのペプチド幾何学に対する配列の効果は,シミュレーションを模倣する
Liliane Halab1, William D Lubell
1Département de chimie, Université de Montréal, C. P. 6128, Succursale Centre Ville, Montréal, Québec, Canada H3C 3J7.
Journal of the American Chemical Society
|March 14, 2002
まとめ
配列はペプチドのターン幾何学に大きな影響を与える. tert-butylprolineを組み込むことは,スタッキング相互作用と特定のアミノ酸配列によって引き起こされる特定のβ-ターン形状を安定させます.
科学分野:
- ペプチド化学 ペプチド化学
- 構造生物学 構造生物学とは
- 有機化学 オーガニック・ケミストリー
背景:
- ペプチドの構成は,生物学的機能にとって極めて重要です.
- プロリン残基はペプチド二次構造,特にベータターンに影響することが知られている.
- ペプチドの構成を制御する要因を理解することは,新しいペプチドの設計の鍵です.
研究 の 目的:
- (2S,5R) -5-tert-butylproline (5-(t) BuPro) を組み込むことがペプチドのターン幾何学にどのように影響するか調査する.
- プロリルアミドの均衡とVI型β回転の安定化を左右する要因を解明する.
- 5-(t) BuPro. を含むペプチドの構造的好みに対するアミノ酸配列の影響を調査する.
主な方法:
- 5-(t) BuPro. を含むディペプチドおよびテトラペプチド類の合成
- 核磁共振 (NMR) と円形二重化 (CD) のスペクトロスコーピーを用いた形状分析.
- 結晶構造を決定し,形状を確認するために,X線 difraktion 研究.
主要な成果:
- 高いシス同位体集団が観察され,特にピシステムスタッキング相互作用のために,プロリンへのN端の芳香質残留物と観察されました.
- テトラペプチドの特定の配列 (Xaaのアルキル,Yaaのアロマティック,ZaaのAlaまたはLys) は>80%のシス同位体群を生成しました.
- 高いシス同位体含有量を持つペプチドは,光譜データによって確認された,タイプVIaベータターン形状を採用しました.
結論:
- 配列の文脈は,ペプチド構成とプロリルアミドの均衡を決定する上で重要な役割を果たします.
- 5-(t) BuProは,特定の配列依存相互作用を通じて,VIa型ベータターンの安定化に有効です.
- ヘアピン幾何学が示唆されていたが,研究された四ペプチドの水溶液には強い分子内水素結合が明らかではなかった.
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