ヒト染色体21と22に沿った転写因子結合部位の公平なマッピングは,非コーディングRNAsの広範な調節を指しています
Simon Cawley1, Stefan Bekiranov, Huck H Ng
1Affymetrix, 3380 Central Expressway, Santa Clara, CA 95051, USA.
Cell
|February 26, 2004
まとめ
この研究では,ヒトゲノム内の転写因子結合部位 (TFBS) をマッピングし,Sp1,cMyc,p53.3の数千の部位を明らかにしました. 多くのTFBSは,コード化しないRNAを調節し,調整された遺伝子調節を示唆しています.
科学分野:
- ゲノミクスゲノミクスとは
- 分子生物学は分子生物学である.
- エピジェネティクス エピジェネティクス
背景:
- 転写因子結合の理解は,遺伝子調節の解読に不可欠です.
- 転写因子結合部位 (TFBS) をマッピングするための以前の方法は,範囲と公平性において限られていた.
- 非コーディングRNAの役割と,転写因子によるそれらの調節は,ますます認識されています.
研究 の 目的:
- Sp1,cMyc,およびp53転写因子のヒト染色体21および22のインビボ結合部位を不偏的にマッピングする.
- これらの重要な要因に対するTFBSの全ゲノム分布と数を推定する.
- TFBS,タンパク質をコードする遺伝子,および非コーディングRNAとの関係を調査する.
主な方法:
- ヒト染色体21と22の非繰り返しの配列をカバーする高密度オリゴヌクレオチド配列を使用しました.
- DNA結合転写因子 (Sp1,cMyc,p53) の結合部位のインビボマッピングを行った.
- ゲノム全体にわたるTFBS数を推定するために抽象化され,遺伝子と非コーディングRNAに相対してゲノムの位置を分析した.
主要な成果:
- 多くのTFBSを特定し,SP1については少なくとも1万2000,cMycについては2万5000,p53については1600の推定値を推計した.
- TFBSのわずか22%がタンパク質をコードする遺伝子の5'端にあり,36%が遺伝子の内側または下流にあり,非コーディングRNAと相関していることが判明した.
- 非コーディングRNAの調節 (例えばレチノ酸による) と,重複するタンパク質コーディングと非コーディングRNAの共同調節との間に有意な相関が観察されました.
結論:
- 人間のゲノムは膨大な数のTFBSを有しており,タンパク質コード化および非コード化遺伝子発現に大きく影響している.
- TFBSのかなりの部分は,非コーディングRNAと関連しており,その規制的重要性を強調しています.
- 共通の転写因子と環境信号は,タンパク質をコードする遺伝子と非コードする遺伝子の両方の調節を調整する可能性があり,複雑な規制ネットワークを示唆しています.
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