タンパク質-リガンド結合親和性をランク付けし,化合物混合物におけるアロステリック対直接結合部位競争を決定する一般的な技術
D Allen Annis1, Naim Nazef, Cheng-Chi Chuang
1NeoGenesis Pharmaceuticals Inc., 840 Memorial Drive, Cambridge, MA 02139, USA. aannis@neogenesis.com
私たちは,タンパク質-リガンド結合親和度をランク付けし,結合部位によってリガンドを分類するために,親和選択質量スペクトロメトリ (AS-MS) 方法を開発しました. このツールは,疾患標的の鉛化合物を効率的に特定し,最適化することで,薬剤発見に役立ちます.
科学分野:
- バイオケミストリー バイオケミストリー
- 化学生物学 化学生物学とは
- ドラッグ・ディスカバリー・ディスカバリー・ドラッグ・ディスカバリー・ドラッグ・ディスカバリー
背景:
- 組み合わせ化学は薬剤発見の大きな可能性を秘めているが,鉛化合物の識別と最適化には効率的なツールが必要である.
- タンパク質-リガンド相互作用分析の現在の方法は,資源密集的で,包括的な結合部位分類が欠けている可能性があります.
- ジェネリックで効率的なツールの開発は,薬物開発における多様性指向の合成を活用するために不可欠です.
研究 の 目的:
- タンパク質-リガンドの親和度ランキングと結合部位分類のための新しい親和度選択-質量スペクトロメトリー (AS-MS) 方法の導入と検証.
- 薬剤開発における様々なタンパク質ターゲットとリガンドクラスに適用できる多用途のツールを提供すること.
- 複雑な分析なしに,結合性アフィニティと協力性の定量的な推定を可能にします.
主な方法:
- AS-MS方法は,競合するリガンドを使用したリガンドプールからタンパク質結合化合物の親和性選択を伴う.
- タンパク質-リガンド複合体から無結合リガンドをクロマトグラフィで分離する.
- マススペクトロメトリー (MS) によるリガンドの解離と識別/定量化により,親和性と結合部位を決定する.
主要な成果:
- 多種多様なタンパク質クラスに対するAS-MSの成功した応用が実証されており,キナーゼ (Akt-1,Zap-70) とGPCR (M(2) マスカリン酸アセチルコリン受容体を含む.
- 新しいATP競争性およびアロステリック阻害剤を特定し,以前未開示のアンタゴニストも特定した.
- 結合親和性と結合協力性を定量的に推定する方法の能力を検証した.
結論:
- AS-MSメソッドは,タンパク質-リガンド親和度ランキングと結合部位分類のための強力な,ラベルフリーな技術です.
- 化合物やタンパク質の改変を必要とせず,溶液で実行できます.
- この方法は,薬剤発見における高スループットスクリーニング,リード最適化,および構造-活性関係研究に非常に適用可能です.
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