人からゼブラフィッシュへのRET規制機能の保存 配列の類似性なし

科学分野:

• ゲノミクスゲノミクスとは
• 発達生物学 発達生物学とは
• 進化生物学の進化生物学について

背景:

• 進化的配列保存は,機能的な非コーディングの規制要素を識別するための一般的な方法である.
• RETプロトオンコゲンは,ニューラル・クライストの発達に重要な役割を果たし,様々ながんに関与しています.

研究 の 目的:

• トランスジェニックアッセイを用いて,レート/RETロカスにおけるテレオストと哺乳類のノンコーディング配列の機能能力を調査する.
• 配列類似性アプローチがすべての機能的規制要素を適切に捉えているかどうかを判断する.

主な方法:

• ゼブラフィッシュのトランポゾンベースのトランスジェニックアッセイを使用しました.
• ゼブラフィッシュ (テレオスト) とヒト (哺乳類) のRETロシウムの保存されたノンコーディング配列の規制活動を評価した.
• ローカス特異的調節を評価するために,レポーター遺伝子発現をモニターした.

主要な成果:

• レットロカスからのほとんどのテレオスト非コーディング配列は,特にゼブラフィッシュのレポーター遺伝子発現を誘導した.
• 多くのテレオストのシーケンスには重複する規制管理が示され,複雑な規制ネットワークが示された.
• また,ヒトのRET非コーディング配列の大多数は,ゼブラフィッシュの網膜特異的発現を誘導した.
• 機能的な規制要素は,シーケンスの類似性が低い地域でも検出されました.

結論:

• トランスジェニックアッセイは,シーケンス類似性だけで検出できない重要な機能的ノンコーディングシーケンス情報を明らかにします.
• 脊椎動物全体で保存された非コーディング要素は,保存された規制機能を保持することができます.
• 配列保存への現在の依存は,機能的ノンコーディングDNAの範囲を過小評価する可能性がある,特にRET.のような遺伝子では.