ドロソフィラRNA干渉スクリーンのオフターゲットの効果の発生率

科学分野:

• 分子生物学は分子生物学である.
• 遺伝学 遺伝学とは
• バイオケミストリー バイオケミストリー

背景:

• RNA干渉 (RNAi) は,遺伝子発現を調節するために小さなRNAを使用します.
• 標的外効果 (OTEs) は,小さなRNAと意図しない標的間の不完全な塩基配列から生じる可能性があります.
• 長い二重鎖RNAs (dsRNAs) は,小型のRNAsに細胞内処理することによってOTEsを減らすと考えられていた.

研究 の 目的:

• ドロソフィラの全ゲノムRNAiスクリーンのOTEの有病率を調査する.
• ウィングレス (Wg) 信号伝導の新しいコンポーネントを特定する.
• RNAiスクリーニングメソッドの信頼性を検討する.

主な方法:

• ドロソフィラS2R+細胞における全ゲノムRNAiスクリーン.
• Wingless (Wg) 信号伝達経路のコンポーネントの分析
• オフターゲットの効果の識別と特徴付け.

主要な成果:

• ドロソフィラの長いdsRNAは,短いホモロジーストレッチによって媒介される一般的なOTEsを示しています.
• Wg経路コンポーネントの正当な候補者は,スクリーンでほとんど特定されなかった.
• dsRNAと遺伝子におけるタンデムトリヌクレオチドの重複は,乱交的なOTEsと偽陽性を引き起こすことが判明しました.

結論:

• OTEは,ドロソフィラRNAiスクリーンの重要な問題であり,真の生物学的標的の識別に影響を与えます.
• タンデムリピートは,ゲノム全体のRNAiスクリーンの誤正の一般的な原因です.
• OTEを軽減するための措置を実施することは,ドロソフィラや他の生物におけるRNAiスクリーニングの信頼性を向上させる上で極めて重要です.