マイクロRNA結合部位とその対応するヘテロデュプレクセスを特定するためのパターンベースの方法

科学分野:

• バイオインフォマティックス
• コンピュータ生物学 コンピュータ生物学
• 分子生物学は分子生物学である.

背景:

• マイクロRNA (miRNA) は,重要な転写後の調節体である.
• miRNAの結合部位と標的を特定することは,遺伝子調節を理解するために重要である.
• 既存の方法は,しばしば交叉種の保全に依存し,その範囲を制限しています.

研究 の 目的:

• miRNA結合部位と異重複体を特定するための新しい計算方法であるRNA22を導入する.
• 既知のmiRNA-ターゲット相互作用に対してRNA22のパフォーマンスを評価する.
• 予測されたmiRNA-ターゲット相互作用を実験的に検証し,ゲノムにおけるmiRNA調節の範囲を推定する.

主な方法:

• RNA22は,最初にターゲット配列内の潜在的なmiRNA結合部位を識別し,次にターゲットmiRNAを決定します.
• この方法は,種間の保全とは無関係であり,騒音に強い.
• ルシフェラーゼアッセイは,予測された相互作用を実験的に検証するために使用されました.

主要な成果:

• RNA22は,知られているmiRNA-heteroduplexesのほとんどを計算的に正確に識別します.
• 実験的検証では,予測された226の標的のうち168の標的において,有意な抑制 (≥30%) が示された.
• 分析は,miRNA1個につき多数のmiRNA標的と,遺伝子トランスクリプト全体で広範囲にわたるmiRNA制御 (74-92%) を示唆しています.

結論:

• RNA22は,miRNA結合部位と標的の発見のための効果的なツールです.
• ユーカリオットの遺伝子トランスクリプトの大部分は,miRNAの調節下にある可能性が高い.
• この研究は,miRNA前駆体発見の拡張を提案し,哺乳類のゲノムに数万のmiRNA前駆体があることを示唆しています.