エストロゲン受容体アルファ結合ヒト染色体インタラクトーム

科学分野:

• ゲノミクスゲノミクスとは
• 分子生物学は分子生物学である.
• エピジェネティクス エピジェネティクス

背景:

• ゲノムは,遠く離れたDNA要素間の機能的相互作用を可能にする複雑な3D構造を持っています.
• 転写因子はしばしば,遺伝子プロモーターから遠く離れた規制要素と結合する.
• 以前の研究では,特定の場所での長距離クロマチンの相互作用が調査されましたが,ゲノム全体の分析は欠けていました.

研究 の 目的:

• グローバルクロマチンの相互作用を検出するための新しい戦略を開発する.
• ヒトゲノムのエストロゲン受容体アルファ (ER-alpha) に結合するクロマチンの相互作用ネットワークを包括的にマッピングする.

主な方法:

• ペアエンドタグシーケンシング (ChIA-PET) によるクロマチンの相互作用分析の開発.
• グローバルクロマチンの相互作用のデノボ検出のためのChIA-PETの応用.
• 人間のゲノムにおけるER-α結合クロマチンの相互作用のマッピング.

主要な成果:

• ほとんどの高信頼性リモートER-α結合部位は,長距離クロマチンの相互作用によって遺伝子プロモーターに固定されています.
• ER-alphaは,広範囲のクロマチンのループを通して機能しているようです.
• このループメカニズムは,協調された転写調節のために遺伝子を集約します.

結論:

• クロマチンの相互作用は,哺乳類のゲノムにおける転写調節の主なメカニズムである.
• 開発された ChIA-PET 方法は,染色体相互作用ネットワークの全ゲノムマッピングを可能にします.
• ER-alphaは,協調的な遺伝子発現制御のために長距離相互作用を利用します.