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RNA-seq03:21

RNA-seq

RNA sequencing, or RNA-Seq, is a high-throughput sequencing technology used to study the transcriptome of a cell. Transcriptomics helps to interpret the functional elements of a genome and identify the molecular constituents of an organism. Additionally, it also helps in understanding the development of an organism and the occurrence of diseases. 
Before the discovery of RNA-seq, microarray-based methods and Sanger sequencing were used for transcriptome analysis. However, while microarray-based...
Next-generation Sequencing03:00

Next-generation Sequencing

The first human genome sequencing project cost $2.7 billion and was declared complete in 2003, after 15 years of international cooperation and collaboration between several research teams and funding agencies. Today, with the advent of next-generation sequencing technologies, the cost and time of sequencing a human genome have dropped over 100 fold.
Next-Generation Sequencing Methods
Although all next-generation methods use different technologies, they all share a set of standard features.

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白人の集団における第2世代のシーケンシングを用いたトランスクリプトーム遺伝学.

Stephen B Montgomery1, Micha Sammeth, Maria Gutierrez-Arcelus

  • 1Department of Genetic Medicine and Development, University of Geneva Medical School, Geneva, 1211 Switzerland. stephen.montgomery@unige.ch

Nature
|March 12, 2010
PubMed
まとめ

トランスクリプトームの高通量シーケンシングは,マイクロアレイよりも遺伝子発現 (eQTLs) と代替スプライシングに影響を与える遺伝的変異を多く明らかにします. この高度な技術は,細胞プロセスに対する遺伝的影響の理解を深める.

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科学分野:

  • ゲノミクスゲノミクスとは
  • トランスクリプトミクス (Transcriptomics) とは
  • バイオインフォマティックス

背景:

  • 遺伝子発現は,細胞状態に対する遺伝的および環境的影響を反映する重要な現象型です.
  • マイクロアレイは,遺伝子発現に影響を与える遺伝的変異を特定するために使用されていますが,解像度は限られています.
  • 第2世代のシーケンシング技術は,高解像度のトランスクリプトーム分析を提供します.

研究 の 目的:

  • 遺伝子発現とトランスクリプト構造に影響を与える遺伝的変異を特定するために,高通量配列を解析を活用する.
  • 定量特征ロシ (eQTLs) の表現のためのシーケンシングとマイクロアレイの発見力を比較する.
  • アレル特異的な発現とそのトランスクリプトの多様性における役割を探求する.

主な方法:

  • ヨーロッパ系60人のトランスクリプトームのmRNA分子の配列決定 (HapMap).
  • HapMap3プロジェクトからの遺伝子変異体との配列データの統合.
  • 読み取りの深さを用いてエクソンと全トランスクリプトの豊富さの定量化.
  • eQTL発見のための小核酸ポリモルフィズム (SNP) の分析.
  • アレル固有の発現の評価.

主要な成果:

  • 高通量シーケンシングは,代替および豊富なトランスクリプトの優れた定量化を持つ配列に匹敵するダイナミックレンジを提供します.
  • 配列ベースのSNP相関は,配列ベースの方法よりもかなり多くのeQTLを特定しました.
  • 熟成したトランスクリプト構造に影響を与える相当数の変種が検出され,代替スプライシングにおける役割を示している.
  • アレル特異的な発現分析により,希少なeQTLおよびトランスクリプト構造におけるアレル差異の発見が可能になりました.

結論:

  • ハイ・スループット・シーケンシング・テクノロジーは,トランスクリプトームに及ぼす遺伝効果に関する新しい洞察を提供します.
  • これらの技術は,eQTLを識別し,トランスクリプトミックの変異を特徴づける上でマイクロアレイを上回ります.
  • この研究は,高度なシーケンシングを通じて,複雑な細胞プロセスに対する遺伝的影響を調査する可能性を強調しています.