5つの脊椎動物のCHIP-seqは,転写因子結合の進化のダイナミクスを明らかにしています

科学分野:

• 進化生物学の進化生物学について
• ゲノミクスゲノミクスとは
• 分子生物学は分子生物学である.

背景:

• 転写因子 (TF) は,遺伝子発現の重要な調節因子である.
• 遺伝子調節の進化を理解することは,種多様性の解読の鍵です.

研究 の 目的:

• 脊椎動物の肝臓における2つの重要なTFのゲノム全体の結合パターンを調査する.
• 種間のTF結合部位の進化動態と保存を調査する.

主な方法:

• 高通量シーケンシング (ChIP-seq) によるクロマチンの免疫プレシピテーションが採用されました.
• 全ゲノムTF占有率は,CCAAT/エンハンサー結合タンパク質αと肝細胞核因子4αを5種の脊椎動物でマッピングした.
• 分析は,保存された対種固有の結合イベントと,DNA配列の制約との関係に焦点を当てました.

主要な成果:

• TF DNAの結合傾向は保たれていても,ほとんどの結合イベントは種特有である.
• 希少なアライナード・バインディング・イベントは,5つの種すべてで観察されました.
• Binding divergenceは主にTFのバインディングモチーフのシーケンス変化に起因する.
• 失われた結合イベントは,近くで復元されることはめったになく,わずか半分が10 kilobases 内に復元されます.

結論:

• トランスクリプションの調節において,種間の有意な変動が存在します.
• 規制の進化は,動的なTF結合パターンによって特徴付けられています.
• モチーフの配列の変化は,種間の結合分岐の主要な要因である.