定量的な相互作用プロテオミクスとエピジェネティックヒストンマークとそのリーダーのゲノム全体のプロファイリング
Michiel Vermeulen1, H Christian Eberl, Filomena Matarese
1Department of Proteomics and Signal Transduction, Max-Planck-Institute of Biochemistry, D-82152 Martinsried, Germany. m.vermeulen-3@umcutrecht.nl
Cell
|September 21, 2010
まとめ
ヒストントリメチルライシンマークは,安定した表遺伝子調節剤である. この研究は,これらのマークを結合する特定のタンパク質複合体を特定し,遺伝子発現制御のメカニズムを明らかにします.
科学分野:
- エピジェネティクスと分子生物学
- クロマチンの生物学
- プロテオミクス プロテオミクスは,プロテオミクスの
背景:
- ヒストンのトリメチルライシン (me3) 改変は,安定した表遺伝子マークである.
- これらのマークは,染色体媒介による遺伝子発現の調節に極めて重要です.
研究 の 目的:
- ヒストントリメチルライシンを結合するタンパク質を特定し,特徴づけること.
- 遺伝子調節におけるこれらのタンパク質複合体の機能的役割を解明する.
主な方法:
- 結合タンパク質を特定するための高精度定量質量スペクトロメトリ.
- 完全な長さのBAC-GFPタグ付きタンパク質の相互作用プロテオミクスは,タンパク質を複合体に割り当てます.
- クロマチン免疫プレシピテーションシーケンシング (ChIP-Seq) で,ゲノム結合部位をマッピングする.
主要な成果:
- SAGAとORCを含む特定タンパク質複合体を特定し,異なるヒストントリメチルライシンマークを結合する.
- SAGA複合体は,Sgf29のチューダー領域を介してH3K4me3を結合する.
- PWWPドメインは,潜在的なH3K36me3結合モチーフとして特定されています.
- ORC複合体は,LRWD1とともに,抑制性ライシンメチル化部位に結合する.
結論:
- 特殊なタンパク質複合体は,特定のトリメチルライシンマークの"読者"として機能する.
- この読解機構は広く存在し,遺伝子発現を媒介する.
- 遺伝子制御のためのヒストンマークとタンパク質複合体との複雑な相互作用を明らかにした.
