ネズミとヒトのアディポゲネシスの比喩的エピジェノミクス分析

科学分野:

• ゲノミクスゲノミクスとは
• エピジェネティクス エピジェネティクス
• 細胞の微分化は

背景:

• 脂肪細胞形成のプロセスであるアディポゲネシスには,複雑な遺伝子調節が含まれています.
• アディポゲネシスを駆動するエピジェネティックメカニズムを理解することは,代謝研究にとって極めて重要です.

研究 の 目的:

• ゲノム全体のクロマチンの状態マップ,転写因子結合プロファイル,およびネズミおよびヒトアディポゲネシスモデルの遺伝子発現データを生成し,比較する.
• プレアディポサイトとアディポサイトの分化に関与するシス調節要素を特定し,特徴づけること.
• 規制要素の進化的動態を調査し,アディポゲネシスの新しい規制者を特定する.

主な方法:

• ゲノム全体のクロマチンの状態マップの生成 (例えば,ヒストンの改変のためのChIP-seq).
• PPARγ (ペロキシゾーム増殖剤活性化受容体ガンマ) とCTCF (CCCTC-結合因子) の局所マッピング.
• 遺伝子発現プロファイリング (例えば,RNA-seq).
• 配列分析とレポーターアッセイは,規制要素と転写因子モチーフの機能的検証を目的としています.
• 染色体のアクセシビリティとモチーフ分析を用いた転写因子 (PLZF,SRFなど) の特定.

主要な成果:

• 両種のアディポゲネシス中のクロマチンの改造の高解像度マップ.
• 何千もの推定のプレアディポサイトおよびアディポサイト特異のシス調節要素の特定.
• ネズミとヒトのモデル間の規制要素の位置には,保存された場所でも,大きな違いがあります.
• これらの差異の原動力として,転写因子結合モチーフの進化的ターンオーバーの証拠.
• PLZF (Promyelocytic Leukemia Zinc Finger) とSRF (Serum Response Factor) を,アディポゲネシスの新しい調節体として特定し,検証する.

結論:

• 染色体ダイナミクスは,アディポゲネシスに関する重要な洞察を提供します.
• シス調節要素の進化的変化は,アディポゲネシス中の種特有の遺伝子調節に寄与する.
• PLZFとSRFは,アディポゲネシスプロセスの検証されたレギュレータです.