ドロソフィラのゲノムのシス調節マップ

科学分野:

• ゲノミクスゲノミクスとは
• 分子生物学は分子生物学である.
• 発達生物学 発達生物学について

背景:

• 遺伝子調節要素の体系的な注釈は,ゲノム科学において極めて重要ですが,挑戦的です.
• 以前のドロソフィラの研究では,ポリコンブ反応要素や転写因子結合部位などの特定の規制要素を特定しました.
• 規制ゲノム全体の包括的なアノテーションは,未解決の課題です.

研究 の 目的:

• ドロソフィラ・メラノガスターの規制ゲノムに関する包括的な地図を作成する.
• プロモーター,エンハンスター,インソレータを含む候補規制要素を特定し,検証する.
• 転写因子結合関係を明らかにし,規制ネットワークを構築する.

主な方法:

• 染色体の8つの特徴,5つのヒストン脱酸化酵素と38の転写因子に関する300以上のChIP-seqデータセットを利用した.
• 統合されたデータセットから候補のCIS規制要素を推論するために,応用計算分析を行いました.
• 予測されるプロモーター,エンハンスター,および隔離剤のサブセットについて,in vivo検証を行いました.

主要な成果:

• ドロソフィラの調節性ゲノムの地図を作成し,20,000以上の候補の調節性要素を特定しました.
• プロモーター,エンハンスター,およびインソレータに関する検証された予測 in vivo.
• クロマチンの活性とアクセシビリティに関連した密度の高い転写因子結合のほぼ2,000の領域を特定しました.
• 何百もの新しい転写因子共同結合関係を発見し,800以上の潜在的な規制相互作用を持つネットワークを定義しました.

結論:

• modENCODEプロジェクトは,ドロソフィラのゲノム調節を理解するための貴重なリソースを提供します.
• この研究は,シス調節要素と転写因子ネットワークの包括的な注釈を大幅に前進させています.
• 発見は,開発中の規制要素と転写因子の複雑な相互作用についての洞察を提供します.