XUTは,酵母菌のXrn1感受性反感覚調節性非コーディングRNAの一種である
E L van Dijk1, C L Chen, Y d'Aubenton-Carafa
1Centre de Génétique Moléculaire (CNRS UPR 3404), avenue de la Terrasse, 91198 Gif sur Yvette, France.
Nature
|June 24, 2011
まとめ
研究者らは酵母菌で1658の新しい不安定トランスクリプト (XUT) を発見し,そのほとんどは反感覚調節体として作用している. これらのXUTは,Xrn1外核酵素に敏感であり,ヒストンの改変と適応反応を含む新しい遺伝子調節層を明らかにします.
科学分野:
- 分子生物学は分子生物学である.
- 遺伝学 遺伝学とは
- イースト生物学 イースト生物学
背景:
- 非コーディングRNA (ncRNA) は,遺伝子調節,染色体構造,ゲノム安定性において極めて重要です.
- 大量のncRNAは,がんの発症やX染色体不活性化などのプロセスに影響を与えます.
- Saccharomyces cerevisiaeの規制性ncRNAの全ゲノム的な特徴付けは限られているが,特にXrn1外核酵素に敏感なncRNAは限られている.
研究 の 目的:
- Saccharomyces cerevisiae.における新しい規制性ncRNAを特定し,特徴づけること.
- 遺伝子調節におけるXrn1感受性不安定トランスクリプト (XUTs) の役割を調査する.
- アンチセンセスのXUT,ヒストンの改変,遺伝子サイレンシングの関係を解明する.
主な方法:
- XUTを特定するために,ストランド固有のRNAシーケンシング (RNA-seq) を行います.
- リチウムを含む介質におけるXUTの分析. 適応反応のためのXUTの分析.
- RNAポリメラーゼII (RNAPII) のクロマチンの免疫プレシピテーションに続いて,Xrn1欠乏菌株におけるDNAシーケンシング (ChIP-seq) が実施されます.
- H3K4me3マークとSet1ヒストンメチルトランスフェラーゼ活性に関する調査.
主要な成果:
- 1,658個のXrn1感受性不安定トランスクリプト (XUT) が特定され,その66%が読書フレームを開くための反センセスを有していた.
- XUTはポリアデニル化され,RNAPIIに依存しています.
- ほとんどのXUTはリチウム介質に蓄積し,適応反応の役割を示唆しています.
- アンチセンセスXUTは,標的遺伝子のRNAPII占有率の低下につながります.
- H3K4me3マークは,反感覚XUTによって調節される遺伝子と関連しており,その抑圧的活動に敵対しています.
結論:
- アンチセンセスのncRNA媒介調節は,Saccharomyces cerevisiaeで広く利用されている経路である.
- XUTは遺伝子発現制御と適応反応において重要な役割を果たします.
- アンチセンセスのXUTとH3K4me3メチル化との相互作用は,遺伝子サイレンシングに極めて重要です.
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