コファクター結合は,ホックスタンパク質間のDNA結合特異性の潜在的差異を誘発する
Matthew Slattery1, Todd Riley, Peng Liu
1Department of Biochemistry and Molecular Biophysics, Columbia University, 701 West 168(th) Street, HHSC 1104, New York, NY 10032, USA.
転写因子は,コファクターとの複合体を形成する際に,新しいDNA結合能力を獲得する. この研究は,ドロソフィラホックスタンパク質が,Extradenticle-Homothoraxコファクターで認識特性をどのように変化させるかを明らかにしています.
科学分野:
- 分子生物学は分子生物学である.
- 遺伝学 遺伝学とは
- バイオケミストリー バイオケミストリー
背景:
- 転写因子ファミリーは,DNA結合の類似性を共有していますが, in vivo では異なる機能を持っています.
- 転写因子はしばしばDNAをマルチタンパク質複合体として結合し,DNA結合特異性の変化を示唆する.
研究 の 目的:
- 転写因子複合体の形成がDNA結合特異性を修正するかどうかを調査する.
- 転写因子複合体のDNA配列親和性を決定する方法を開発する.
主な方法:
- 実験・計算プラットフォームであるSELEX-seqを開発しました.
- SELEX-seqをDrosophila Hoxの8種類のタンパク質とExtradenticle-Homothorax (Exd) のコファクターすべてに適用しました.
主要な成果:
- ドロソフィラ・ホックスタンパク質は,Exd.と複合すると,新しいDNA認識特性を示す.
- Exd-Hoxの特異性は3つのクラスに分類され,Hox遺伝子のコリネアリティと一致しています.
- DNA構造の予測は,前後ホックスタンパク質に対する異なるマイナー・グリューブ・トポグラフィの偏好を示している.
結論:
- Exd と Hox タンパク質のようなコファクター相互作用は,新興の DNA 認識特性を生み出します.
- これらの新興特性は,転写因子のインビボ特異性に貢献します.
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