ヒト細胞における全ゲノム位置分析によって発見されたクロマチンの調節体の組み合わせパターニング

科学分野:

• 分子生物学は分子生物学である.
• ゲノミクスゲノミクスとは
• エピジェネティクス エピジェネティクス

背景:

• 染色体調節体 (CRs) は,ヒストンの改変を通じて遺伝子発現を制御するために極めて重要です.
• CRの機能とそれらの組み合わせの相互作用を規定する正確な規則は,ほとんど不明のままです.
• CRsを理解することは,遺伝子調節と細胞過程の解読に不可欠です.

研究 の 目的:

• 何百もの染色体調節体の機能を推論するための体系的なアプローチを開発する.
• CRsの全ゲノム結合をマッピングするための新しいアッセイを作成する.
• 組み合わせ式CR機能の原理と,異なるクロマチンの環境におけるそれらの組織を明らかにする.

主な方法:

• ChIP-stringを開発し,クロマチンの免疫降水とシグネチャー読み取りを組み合わせたメソスケールアッセイを開発した.
• CRマッピングのための有効な反応剤を特定するために,145の抗体をスクリーニングしました.
• 2つの異なる細胞タイプで29のCRsのゲノム全体の結合をマッピングしました.

主要な成果:

• 特定のクロマチンの環境におけるCR組み合わせの特徴的なコロカライゼーションパターンを特定した.
• CRsはコヒーレント機能の遺伝子と遠隔の規制要素と関連していることが観察されました.
• CRsが,モジュラーとコンビネトリアルな結合を維持しながら,細胞タイプ間の異なるロキに再分布することを実証した.

結論:

• ChIP-stringは,CR結合のモニタリングを強化するためのマルチプレックス方法を提供します.
• この研究は,CRゲノム全体の結合マップの実質的なリソースを提示しています.
• 染色体調節体の結合的機能を支配する共通の原理を明らかにした.