エレクトロフォレティックモビリティの微流体スクリーニングは,シフトを明らかにし,リボスイッチ結合機能を明らかにします

科学分野:

• 分子生物学は分子生物学である.
• バイオフィジックス 生物物理学
• バイオケミストリー バイオケミストリー

背景:

• リボスイッチはRNAセンサーで,小分子代謝産物を結合する際に形状を変えることで遺伝子発現を調節する.
• リボスイッチ-リガンドの相互作用を研究するための既存の方法は,多くの場合時間がかかり,高通量機能が欠けている.
• リボスイッチとそのリガンド結合をスクリーニングするための迅速かつ定量的なツールが必要である.

研究 の 目的:

• 高通量,リボスイッチ-リガンド結合の定量分析のためのマイクロ流体移動シフトアッセイを導入し,検証する.
• 候補リボスイッチを迅速にスクリーニングし,検証するアッセイの能力を実証する.
• リボスイッチの構成変化と結合運動の特徴付けのためのスケーラブルなプラットフォームを確立する.

主な方法:

• リボスイッチ-リガンド結合の正確な定量化のためのマイクロ流体移動シフトアッセイの開発.
• 熱性および冷凍性細菌からの5つの候補SAM-Iリボスイッチのスクリーニングと検証.
• 微流体分析を用いた均衡解離定数 (K(d)) の定量化と,インライン探査の結果との比較.

主要な成果:

• 微流体分析スクリーンは,従来のベンチテストにかかる時間の0.3%でリボスイッチを切り替える (3.2分 vs 1020分).
• このアッセイは,小さな移動のシフトや形状の変化を検出するために,より高い解像度,定量化,および繰り返し性を提供します.
• 均衡解離定数 (K(d)) は,既知のおよび候補のSAM-Iリボスイッチの両方に正確に定量化されました.

結論:

• マイクロ流体移動シフトアッセイは,リボスイッチ-リガンドの相互作用を研究するための迅速で,敏感で,スケーラブルなツールです.
• この技術は,新しいリボスイッチの発見と選択を加速します.
• この測定は,細菌のリボスイッチを標的とした新しい抗生物質の開発を容易にする.