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Updated: May 5, 2026

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Mapping RNA-RNA Interactions Globally Using Biotinylated Psoralen
Published on: May 24, 2017
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RNA二次構造のインビボゲノム全体のプロファイリングは,新しい規制特性を明らかにしています
Yiliang Ding1, Yin Tang2, Chun Kit Kwok3
11] Department of Biology, Pennsylvania State University, University Park, Pennsylvania 16802, USA [2] Department of Chemistry, Pennsylvania State University, University Park, Pennsylvania 16802, USA [3] Center for RNA Molecular Biology, Pennsylvania State University, University Park, Pennsylvania 16802, USA [4].
Nature
|November 26, 2013
まとめ
私たちは,生きている細胞のRNA構造を全ゲノムでマッピングするための新しい方法であるstructure-seqを開発しました. これは,RNA構造が植物における遺伝子発現,翻訳,およびストレス反応にどのように影響するかを明らかにしています.
科学分野:
- 分子生物学は分子生物学である.
- ゲノミクスゲノミクスとは
- バイオインフォマティックス
背景:
- RNA構造は,トランスレーション,ポリアデニレーション,およびスプライシングを含む遺伝子発現の調節において重要な役割を果たします.
- ゲノム全体に限られた in vivo RNA 構造データは,生きている細胞における RNA の調節機能の理解を妨げています.
研究 の 目的:
- ゲノム全体の in vivo RNA 構造マッピングのための高通量メソッドを開発し,適用する.
- アラビドプシス・サリアナ (Arabidopsis thaliana) のRNA構造マップの第1のニュクレオチド解像度 in vivo を生成するために.
- 翻訳効率,代替ポリアデニレーション,スプライシング,ストレス反応を含むRNA構造と遺伝子発現の関係を調査する.
主な方法:
- structure-seqの開発は,RNAの構造を vivo で探査するために,ジメチル硫酸 (DMS) メチル化を使用して高通量メソッドである.
- メチル塩基 (アデニンとサイトシン) を特定するための次世代配列解析.
- アラビドプシス・タリアナの苗に適用して,全ゲノムにわたるRNA構造マップを生成する.
主要な成果:
- ゲノム全体の最初の in vivo RNA 構造マップを,あらゆる生物の核酸解像度で生成し,10,000 以上のトランスクリプトをカバーしました.
- コーディング領域と,スタートコドンの上流で構造が少ない領域で3つの核酸の周期的な繰り返しを特定し,翻訳効率と相関しました.
- ポリアデニレーションの代替部位と5'スプライス部位で,ポリアデニレーションとスプライスイベントに関連した明確な構造パターンを観察した.
- ストレス反応mRNAのin vivoRNA構造は,シリコでは予測が不十分であり,構造変化を可能にする可能性がある特徴 (単一鎖性,より長いループ,より高い自由エネルギー) を表している.
結論:
- Structure-seqは,RNA構造体とその生物学的機能を全ゲノム規模で尋問するための強力なツールを提供します.
- In vivo RNAの構造は,重要な遺伝子発現プロセスと細胞の反応,特にストレス反応に大きな影響を与えます.
- この方法は,RNAの構造と機能を研究するために,さまざまな生物に広く適用できます.
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Overview
The basic structure of RNA consists of a five-carbon sugar and one of four nitrogenous bases. Although most RNA is single-stranded, it can form complex secondary and tertiary structures. Such structures play essential roles in the regulation of transcription and translation.
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