マウスの遺伝子調節ドメインのインタラクトームマップは,転写調節の基本原理を明らかにしています
Kyong-Rim Kieffer-Kwon1, Zhonghui Tang2, Ewy Mathe1
1Genomics and Immunity, NIAMS, National Institutes of Health, Bethesda, MD 20892, USA.
哺乳類の細胞は,発達中に大きく変化するダイナミックな増強器の風景を利用します. この研究は,増強剤が,異なる細胞タイプの重要な遺伝子にどのように再利用され,組織特有の機能を制御するかを明らかにしています.
科学分野:
- ゲノミクスゲノミクスとは
- 発達生物学 発達生物学について
- エピジェネティクス エピジェネティクス
背景:
- 哺乳類の細胞は,発達過程で変化する.
- これらの増強剤の変化の正確な性質と範囲は完全に理解されていません.
研究 の 目的:
- 多能性ES細胞と微分化されたBリンパ球におけるプロモーター・エンハンサーの相互作用をマッピングする.
- 異なる細胞タイプにおけるエンハンスター・ランドスケープのダイナミックな性質を調査する.
主な方法:
- 組み合わせたDNaseI過敏性,ChIP-seq,およびChIA-PET技術.
- 高解像度のCpGメチローム,ゲノム編集,デジタルフットプリントを使用しました.
主要な成果:
- MycとPim1.1のような広範に転写された遺伝子の場合でも,組織全体での強化剤使用の有意な変動が確認されました.
- 強化剤は,ESとB細胞の異なる一連の規制因子と関連していることを実証しました.
- 開発中のエンハンサー活動,プロモーター活動,系統決定因子の採用との相関が示された.
結論:
- 生物は,基本的な細胞機能の組織特異的な制御のために,ダイナミックな強化器の景観に依存しています.
- 増強剤の再プログラミングは,細胞の分化と発達において重要な役割を果たします.
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