ドロソフィラの発達強化剤のゲノムスケールの機能的特徴化 in vivo
Evgeny Z Kvon1, Tomas Kazmar2, Gerald Stampfel3
11] Research Institute of Molecular Pathology (IMP), Vienna Biocenter VBC, Dr Bohr-Gasse 7, 1030 Vienna, Austria [2] Howard Hughes Medical Institute, Janelia Farm Research Campus, Ashburn, Virginia 20147, USA (B.J.D.); Genomics Division, Lawrence Berkeley National Laboratory, Berkeley, California 94720, USA (E.Z.K.).
Nature
|June 5, 2014
まとめ
研究者らは,フルーツフライの胚に何千もの転写増強剤をマッピングし,発達中の広範な活動とダイナミックなパターンを明らかにした. ほとんどの増強剤は,近くの遺伝子を調節し,調節性ゲノムの局所的組織を示唆しています.
科学分野:
- 発達生物学 発達生物学について
- ゲノミクスゲノミクスとは
- 分子生物学は分子生物学である.
背景:
- 転写増強剤は,遺伝子発現と動物の発達の重要な調節剤である.
- エンハンサーゲノムの組織,活動,および配列を理解することは,生物学における主要な目標です.
研究 の 目的:
- 何千ものドロソフィラ・メラロナガスターの強化剤候補のインビボ活性を特徴づけるため.
- 胚形成中の増強剤活動の空間的・時間的動態を調査する.
- 強化器の機能を予測するシーケンスのモチーフを特定するために.
主な方法:
- ドロソフィラの胚形成における7,705の増強剤候補のインビボ特徴化.
- シス規制モチーフの計算による識別と実験的検証.
- 制御された語彙で強化パターンの手動アノテーション.
主要な成果:
- テストされた候補者の46% (3,557) が活性であり,これは,発達強化剤のゲノム全体の高密度を示唆している.
- ほとんどの増強剤は,ダイナミックな空間パターンを表し,隣接する遺伝子を調節し,局所的なシス調節組織を示した.
- 増強剤の12~21%が遠隔遺伝子を調節し,表現されていない隣人を回避した.
結論:
- この研究は,動物の規制性ゲノム組織とエンハンスラー配列特性に関するグローバルな洞察を提供します.
- 発見は,強化器の機能と調節に関する以前の原則を確認し,一般化します.
- すべてのエンハンサーデータと原始画像にアクセスするために,Webインターフェースが用意されています.
