マルチプレックスホモロジーによるゲノム領域の飽和編集,マルチプレックスホモロジー指向修復による飽和編集
Gregory M Findlay1, Evan A Boyle1, Ronald J Hause2
11] Department of Genome Sciences, University of Washington, Seattle, Washington 98195, USA [2].
Nature
|August 21, 2014
まとめ
飽和ゲノム編集は,ネイティブゲノム内のDNA配列機能を正確にマップします. この方法は,以前の技術の限界を克服し,遺伝子と規制要素の高解像度機能分析を可能にします.
科学分野:
- 遺伝学 遺伝学とは
- 分子生物学は分子生物学である.
- ゲノミクスゲノミクスとは
背景:
- 飽和変異はDNA配列を理解するための鍵ですが,多くの場合,ネイティブゲノム文脈が欠けています.
- エピソームまたはランダム統合を使用する現在の方法は,変異の影響の解釈を制限します.
- エンドゲノス・ロカス・コンテキストは,シーケンスの機能の正確な評価に不可欠です.
研究 の 目的:
- 固有のゲノム領域内で直接飽和編集を行う方法を開発し,実証する.
- 特定のゲノム位置における全ての可能な配列変数の機能的影響を正確に測定する.
- 遺伝子変異の解釈とゲノム要素の機能的解剖を強化する.
主な方法:
- カップリングCRISPR/Cas9RNA誘導割れとマルチプレックスホモロジー誘導修復.
- ゲノム領域の飽和編集のために,ドナーテンプレートの複雑なライブラリを使用します.
- BRCA1エクソン18と必須遺伝子のDBR1.1における飽和ゲノム編集を実行する.
主要な成果:
- BRCA1.1における6塩基対領域を,すべての可能なヘクサマーで置き換えることが実証された.
- BRCA1.1の完全なエクソンのために可能なすべての単一の核酸変種 (SNV) を生成しました.
- 無意味な媒介による衰退とスプライシングによるBRCA1におけるトランスクリプトの豊富さに対する有意な効果が観察されました.
- DBR1で測定された相対成長効果は,機能的影響と相関しています.
結論:
- 飽和ゲノムエディティングは,DNA配列の機能的な解剖のための高解像度の方法を,そのネイティブコンテキストで提供します.
- このアプローチは,シス調節要素,トランス作用因子,および臨床変異の解釈の研究を容易にする.
- 多くの変異の機能的結果の正確な測定を可能にし,ゲノムの理解を向上させます.
さらに関連する動画
06:59Using Next Generation Sequencing to Identify Mutations Associated with Repair of a CAS9-induced Double Strand Break Near the CD4 Promoter
Published on: March 31, 2022
1.8K
10:07A Standard Methodology to Examine On-site Mutagenicity As a Function of Point Mutation Repair Catalyzed by CRISPR/Cas9 and SsODN in Human Cells
Published on: August 25, 2017
9.0K
関連する概念動画
Homologous Recombination
58.7K
The basic reaction of homologous recombination (HR) involves two chromatids that contain DNA sequences sharing a significant stretch of identity. One of these sequences uses a strand from another as a template to synthesize DNA in an enzyme-catalyzed reaction. The final product is a novel amalgamation of the two substrates. To ensure an accurate recombination of sequences, HR is restricted to the S and G2 phases of the cell cycle. At these stages, the DNA has been replicated already and the...
58.7K
Homologous Recombination
6.2K
6.2K
Mismatch Repair
5.4K
Organisms are capable of detecting and fixing nucleotide mismatches that occur during DNA replication. This sophisticated process requires identifying the new strand and replacing the erroneous bases with correct nucleotides. Mismatch repair is coordinated by many proteins in both prokaryotes and eukaryotes.
The Mutator Protein Family Plays a Key Role in DNA Mismatch Repair
The human genome has more than 3 billion base pairs of DNA per cell. Prior to cell division, that vast amount of genetic...
The Mutator Protein Family Plays a Key Role in DNA Mismatch Repair
The human genome has more than 3 billion base pairs of DNA per cell. Prior to cell division, that vast amount of genetic...
5.4K
Mismatch Repair
37.9K
Overview
37.9K
Mismatch Repair
11.0K
11.0K
Long-patch Base Excision Repair
6.3K
Since the discovery of the two BER pathways, there has been a debate about how a cell chooses one pathway over the other and the factors determining this selection. Numerous in vitro experiments have pointed out multiple determinants for the sub-pathway selection. These are:
6.3K
