RNA-RNAの相互作用により,ノンコーディングRNAを新生Pre-mRNAやクロマチンの部位に特異的に標的にすることができる

Jesse M Engreitz¹, Klara Sirokman², Patrick McDonel²

¹Broad Institute of Harvard and MIT, Cambridge, MA 02142, USA; Division of Health Sciences and Technology, MIT, Cambridge, MA 02139, USA.

|September 27, 2014

まとめ

研究者は,RAP-RNA.RNAを使用してRNA-RNAの相互作用をマッピングしました. これは,U1小核RNAとMalat1ノンコーディングRNAが,異なるメカニズムを通じて新生トランスクリプトを標的とし,遺伝子の局所化をどのように影響しているかを明らかにした.

科学分野:

分子生物学は分子生物学である.
遺伝学遺伝学とは
バイオケミストリーバイオケミストリー

背景:

ノンコーディングRNA (ncRNA) は,分子間RNA-RNA相互作用を通じて多様な機能を果たします.
これらの相互作用を理解することは,生物学的プロセスにおけるncRNAメカニズムを解明するために極めて重要です.
U1小核RNAとMalat1は,完全には理解されていない相互作用機構を持つRNA処理に関与するncRNAである.

研究の目的:

RNA-RNAの相互作用を体系的にマッピングするための方法を開発し,適用する.
U1 と Malat1 の相互作用メカニズムを新生トランスクリプトと研究する.
これらの相互作用がncRNAsのゲノム局所化にどのように影響するかを決定する.

主な方法:

RNA-RNA相互作用 (RAP-RNA) をマッピングするためのRNAアンチセンセスの浄化の開発.
RAP-RNAの応用は,U1小核RNAとMalat1.1の研究に用いられる.
直接的および間接的なRNA相互作用を確認するために,微分クロスリンクを使用します.

主要な成果:

U1小核RNAは,5'スプライス部位とイントロニックモチーフに直接ハイブリッド化します.
マラト1は,タンパク質中間体を通じて間接的にプレ-mRNAと相互作用する.
新生前mRNAとの相互作用は,活性遺伝子のクロマチンの近くのncRNAの局所化につながります.

結論:

ncRNAはRNA-RNAの相互作用を利用して,特定のプレ-mRNAとゲノム部位を標的とする.
RAP-RNA方法は,低豊富なRNAを含むncRNAの相互作用を研究するために敏感で広く適用できます.
U1とMalat1による明確なターゲティングメカニズムは,RNA処理におけるncRNA機能の多様な戦略を強調しています.

さらに関連する動画