増強剤と疾患変種のためのヒトの遺伝子中心の転写因子ネットワーク

科学分野:

• ゲノミクスゲノミクスとは
• 分子生物学は分子生物学である.
• 遺伝学 遺伝学とは

背景:

• 遺伝子調節ネットワーク (GRNs) は,転写因子 (TFs) と調節性DNA要素の相互作用を含む,発達と生理学にとって極めて重要です.
• ほとんどの疾患関連突然変異は,非コーディング領域で発生しますが,現在のGRNマッピング方法は,TF結合を正常DNAと突然変異DNAの両方に同時に評価することはできません.

研究 の 目的:

• 人間のGRNsをマッピングし,TF結合に対する非コーディング変異の影響を特徴付けるための高スループットメソッドを開発し,検証する.
• 野生型および突然変異の規制局部に結合する転写因子を特定する.

主な方法:

• 遺伝子中心の酵母1ハイブリッド (eY1H) アッセイを用いて,ヒトTFの1,086の結合を246の増強剤と109の非コーディング疾患変異にテストした.
• 野生型増強剤と比較して,変異した局所とのTF相互作用の変化を評価した.

主要な成果:

• 変異した局所とのTF相互作用の損失と利益の両方を検出しました.
• 変異した局所へのTF結合の変化は,標的遺伝子発現の変化と一致することを観察した.
• ハイ・スループット・バリエーションの特徴化のためのYY1Hアッセイの有用性を実証した.

結論:

• 確立されたYY1Hアッセイは,ヒトのGRNsをマッピングするための強力なツールです.
• 全ゲノム関連研究 (GWAS) で特定された非コーディング疾患変異を含むゲノム変異の高通量特徴化のためのYY1Hアッセイの能力を示しました.