単細胞 伝達 RNA の 配列 解析 に よっ て,まれ な 腸 の 細胞 型 が 発見 さ れ ます
Dominic Grün1,2, Anna Lyubimova1,2, Lennart Kester1,2
1Hubrecht Institute-KNAW (Royal Netherlands Academy of Arts and Sciences), 3584 CT Utrecht, The Netherlands.
Nature
|August 20, 2015
まとめ
私たちは RaceIDという 新しいアルゴリズムを開発し 複合的な単細胞集団の 幹細胞のような希少な細胞タイプを 特定しました この方法は,腸内分泌細胞の新しいマーカーとしてReg4を発見し,新しいサブタイプを明らかにした.
科学分野:
- 単細胞生物学
- 計算生物学
- ゲノミクス
背景:
- 全ての臓器の細胞タイプを特徴づけることは 発達と機能を理解するために不可欠です
- 伝統的な方法は 限られたマーカー遺伝子を用いて 希少な細胞タイプを特定するのに苦労します
- 幹細胞やがん幹細胞を含む希少細胞は,正常な組織と病気の組織生物学の研究に不可欠です.
研究 の 目的:
- 複雑な単細胞集団内の希少な細胞タイプを識別するための計算方法を開発する.
- 希少な細胞集団の 新種のマーカー遺伝子を発見するために
- 特定された希少な細胞タイプ内の細胞異質性を調査する.
主な方法:
- マウスの腸内臓器官からランダムに選択された何百もの細胞のトランスクリプトームシーケンス.
- 希少細胞タイプ識別のためのRaceIDアルゴリズムの開発と適用.
- 特定された細胞タイプとマーカー遺伝子の in vivo 検証
主要な成果:
- RaceIDは単細胞で表される 細胞タイプを成功裏に特定しました
- Reg4は腸内分泌細胞の新しいマーカーとして特定され,濃縮とさらなる研究を可能にしました.
- 新しい腸内分泌のサブタイプが発見され,in vivoで検証された.
- Lgr5陽性幹細胞は,稀なLgr5陽性分泌細胞と混合した均質な集団であることが判明した.
結論:
- RaceIDは複雑な生物学的システムにおける 希少な細胞型とマーカー遺伝子の発見に 有効なツールです
- この方法は,健康な組織と病気の組織の両方の細胞異質性の調査を容易にする.
- このアプローチは,様々な臓器における細胞型の特徴づけを進めるために広く適用可能である.
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