牛皮質関節炎における皮膚微生物群:方法論開発と試験データ
Madhura Castelino1, Stephen Eyre2, John Moat3
1NIHR Manchester Musculoskeletal Biomedical Research Unit, Manchester Academic Health Science Centre, Manchester, UK.
Lancet (London, England)
|August 28, 2015
まとめ
MiSeqプラットフォームで配列化されたV3-V4 16S rRNA超変異領域は,Roche454プラットフォームと同様の皮膚微生物群分析結果を提供します. この方法は 牛皮質関節炎のような疾患で 皮膚の微生物群を研究するための 信頼性の高いアプローチを提供します
科学分野:
- 微生物学
- ゲノミクス
- バイオ情報学
背景:
- 皮膚の微生物群は 牛皮質関節炎などの炎症性疾患の発生に 重要な役割を果たします
- この分野での研究を進めるには 皮膚の微生物の組成を理解することが不可欠です
研究 の 目的:
- MiSeqプラットフォームを使用して皮膚の微生物研究のための最適な研究設計を決定します.
- 2つのプライマーペアと2つのシーケンシングプラットフォーム (MiSeqとRoche454) から生成されたデータを模擬細菌コミュニティを使用して比較する.
主な方法:
- 健康なボランティアから 皮膚のサンプルを採取しました
- 特定のプライマーペアを使用して16S rRNA遺伝子ハイパー変異領域 (V1-V3およびV3-V4) の増幅.
- MiSeqとRoche454のプラットフォームでシーケンシングを行い,その後にQIIMEソフトウェアを使用してデータ処理を行う.
主要な成果:
- V3- V4 超変異領域は,V1- V3 領域と比較して優れた細菌多様性捕獲を示した.
- ヒトDNAの汚染による影響は最小で,各プラットフォーム内で高いコンコンダンス (98. 9 - 99. 8%) が観察されました.
- MiSeqとRoche454のプラットフォームは,V3-V4領域を使用すると,家族レベルで高いコンコンダンス (87%) を示しました.
結論:
- MiSeqプラットフォームでのV3-V4 16S rRNAハイパー変異領域のシーケンシングは,ロシュ454プラットフォームと同様の結果が得られます.
- MiSeqプラットフォームと選択されたプライマーは,皮膚の微生物群のプロファイリングのための信頼性の高い比較可能な方法を提供します.
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