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菌類の生物史コメントへの返信 "土壌キノコの世界的多様性と地理"

Leho Tedersoo ¹, Mohammad Bahram ², Sergei Põlme ³

⁰Natural History Museum, University of Tartu, Tartu, Estonia. leho.tedersoo@ut.ee.

Clinical Neuroscience (new York, N.y.) +

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2015年8月29日

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まとめ

プライマーの選択は,土壌調査における微生物多様性に大きな影響を与えます. Archaeorhizomycetesは影響を受けなかったが,注意深いDNAマーカーとプライマー選択は,生態学的研究における正確な高通量配列決定に不可欠である.

科学分野

微生物学
エコロジー
ゲノミクス

背景

プライマー・テンプレートの不一致は,アンプリカンベースの研究で特定の微生物群の不足につながる可能性があります.
シャットとローズリングによる地球規模での土壌調査は,真菌類Archaeorhizomycetesの検出における潜在的なバイアスを強調した.

研究の目的

微生物コミュニティの組成に対するDNAマーカーとプライマー選択の影響を評価する.
ポリメラーゼ連鎖反応 (PCR) のバイアスの影響を評価する.
菌類Archaeorhizomycetesの検出にこれらの要因の影響を決定する.

主な方法

9つのバーコード・プライマー・ペアの組み合わせを用いたアンプリコンベースのメタバーコーディング.
ポリメラーゼ連鎖反応 (PCR) のないショットガンメタゲノミクス
微生物の多様性と組成の比較分析

主要な成果

バーコードとプライマーの選択は,PCRバイアスとともに,全体的な微生物の多様性と組成に大きな影響を与えます.
菌類Archaeorhizomycetesは,地球規模での土壌研究において,これらのバイアスによってほとんど影響を受けていないようでした.
高通量配列解析結果は,選択されたDNAマーカーとプライマーに対して敏感です.

結論

DNAマーカーとプライマーの選択は,生態学的研究における微生物の正確な識別に不可欠です.
微生物のグループには影響が少ないかもしれませんが,偏見はコミュニティの分析を歪めることができます.
研究者は,信頼性の高い高通量シーケンシングデータを確保するために,方法論的な選択を慎重に考慮する必要があります.

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