ヒト単細胞における核膜相互作用の全ゲノムマップ
Jop Kind1, Ludo Pagie2, Sandra S de Vries2
1Division of Gene Regulation, Netherlands Cancer Institute, Plesmanlaan 121, 1066CX Amsterdam, the Netherlands; Hubrecht Institute-KNAW (Royal Netherlands Academy of Arts and Sciences) and University Medical Center Utrecht, Cancer Genomics Netherlands, Uppsalalaan 8, 3584CT Utrecht, the Netherlands.
Cell
|September 15, 2015
まとめ
哺乳類の染色体は,核膜とラミナ関連ドメイン (LAD) を形成する. 新しい単細胞マッピングは,一貫した,遺伝子に乏しいLADと,変数,細胞タイプ特有のLADを明らかにし,クロマチンの組織原理を強調しています.
科学分野:
- 細胞生物学
- ゲノミクス
- エピジェネティクス
背景:
- 哺乳類のインターフェーズ染色体は,核膜 (NL) と,膜関連ドメイン (LAD) を介して相互作用する.
- 単細胞におけるこれらのNLコンタクトの全ゲノム構造を理解することは,クロマチンの組織を解明するために極めて重要です.
研究 の 目的:
- ヒトの個々の細胞における全ゲノムにわたる核膜の接触をマッピングする方法を開発し,適用する.
- 単細胞間のLADの一貫性,変異性,調整を特徴づけること.
主な方法:
- 約400個のヒト細胞の核膜の接触を 全ゲノムマッピング
- LADの細胞間一致性,プロイド感度,および遺伝子活動とヒストンの改変との相関性の分析.
主要な成果:
- 一貫性のある,遺伝子に乏しいLADと,変数的な,細胞タイプ特有のLADのコアアーキテクチャを特定した.
- NLの接触は,多価相互作用と広範な染色体内調整を含みます.
- LADの一貫性は,遺伝子活動と逆相関し,H3K9me3と正相関する.
結論:
- 核膜における単細胞クロマチン組織の基本原理を確立した.
- ヒト細胞の膜関連ドメインの ダイナミックで調整された性質を示した.
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