乾燥耐性草の単分子配列化 オロペチウム・タメウム
Robert VanBuren1, Doug Bryant1, Patrick P Edger2,3
1Donald Danforth Plant Science Center, St Louis, Missouri 63132, USA.
Nature
|November 13, 2015
まとめ
単一分子のリアルタイムシーケンシングにより,Oropetium thomaeumのゲノムのほぼ完全な組み立てが可能になりました. この画期的な発見は 植物比較ゲノミクスのための貴重なリソースであり, 進化したゲノム配列決定の能力を示しています
科学分野:
- ゲノミクス
- 植物生物学
- バイオ情報学
背景:
- ユカリオットのゲノムは複雑で,しばしば重複し,複合体であり,異種性であり,ゲノムアセンブリを複雑にする.
- 現在のプラットフォームからの短いシーケンシングは 繰り返し領域を通過するアセンブリを阻害し 断片化されたドラフトゲノムにつながります
- 重要な重複性インターゲノム配列は 重要性が高まっているにもかかわらず ドラフトゲノムには 欠けていることが多いのです
研究 の 目的:
- 乾燥耐性草の全ゲノム配列解析とアセンブリを行うこと
- 単一分子リアルタイム (SMRT) 配列の有用性を高品質の真核生物ゲノムアセンブリに実証する.
- 植物比較ゲノム学コミュニティに貴重なゲノム学リソースを提供すること.
主な方法:
- 単一分子リアルタイム (SMRT) シーケンシング技術のみを用いた全ゲノムシーケンシング.
- SMRTシーケンシングで生成された長い読み取り (> 16 キロベース) の集合.
- 組み立てられたゲノムの分析 遺伝子内容と繰り返しの配列を含む.
主要な成果:
- オロペチウムゲノム (244メガベース) の99%を2.4メガベースN50長さの625コンティグに組み立てました.
- ゲノム空間と遺伝子間の領域 (セントロメア,テロメア,移植可能な要素,rRNAクラスター) の隙間のないゲノム草案を生成した.
- タンパク質をコードする28466の遺伝子,43%の繰り返し配列を特定し,コンパクトなユークロマティック領域を持つ最も小さな既知の草のゲノムとしてオロペチウムを特徴付けました.
結論:
- SMRTシーケンシングは,高品質の植物と真核生物のゲノムを組み立てるのに非常に有効です.
- オロペチウムのゲノムは,通常は組み立てられていない領域を含むゲノムアセンブリにおける重要な進歩を表しています.
- この組み立てられたゲノムは 植物比較ゲノム研究の重要なリソースとして機能しています


