シストローム と エピシストローム の 特徴 が DNA の 規制 面 を 形作る
Ronan C O'Malley1, Shao-Shan Carol Huang1, Liang Song2
1Genomic Analysis Laboratory, The Salk Institute for Biological Studies, 10010 N. Torrey Pines Rd., La Jolla, CA 92037, USA; Plant Biology Laboratory, The Salk Institute for Biological Studies, 10010 N. Torrey Pines Rd., La Jolla, CA 92037, USA.
Cell
|May 21, 2016
まとめ
アラビドプシスのシストロームを定義するトランスクリプション因子 (TF) の結合部位をマッピングするDNA親和性浄化シーケンシング (DAP-seq). この方法は,エピシストロームと転写調節を理解するために重要な広範なTFメチル化感性を明らかにします.
科学分野:
- ゲノミクス
- 分子生物学
- エピジェネティクス
背景:
- シストロームは,生物体内のすべての転写因子 (TF) 結合部位を表します.
- エピシストロームは,TF結合とDNAの化学的変異とTF感受性を統合する.
- 転写ネットワークを理解するには,堅固なシストロームとエピシストロームのマッピング方法が必要です.
研究 の 目的:
- TF結合部位の発見のための高通量方法としてDNA親和性浄化シーケンシング (DAP-seq) を導入する.
- アラビドプシスの総合的なシストロームマップを作成する.
- DNAメチル化に対するTF感受性を調べる
主な方法:
- TF結合部位を特定するために,DNA親和性浄化シーケンシング (DAP-seq) が使用された.
- In vitroで発現したTFは,ゲノムDNAを調査するために使用された.
- アラビドプシスTFとその結合モチーフを分析した.
主要な成果:
- アラビドプシスのシストロームは,DAP-seqを用いて529 TFのモチーフとピークを解明することによって定義された.
- 調査したアラビドプシスTFの75%はメチル化感性を示した.
- DAP-seqはTFの生物学と結合サイトアーキテクチャに関する洞察を提供した.
結論:
- DAP-seqは,費用対効果の高いシストロミックおよびエピシストロミックアノテーションのための貴重なツールです.
- TFのメチル化感度は,エピシストロームの景観に大きな影響を及ぼします.
- この方法は複雑な転写制御ネットワークの解明に役立ちます.
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