CRISPRの干渉による機能強化剤-促進剤の接続の体系的なマッピング

Charles P Fulco^1,2, Mathias Munschauer¹, Rockwell Anyoha¹

¹Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA.

Science (New York, N.Y.)

|October 7, 2016

まとめ

研究者は,MYCとGATA1発現を制御する9つの増強剤を特定し,遺伝子調節要素とその標的を発見するためにCRISPR干渉を使用しました. この方法は,遺伝子のネットワークと病気の非コーディング変異を理解するのに役立ちます.

科学分野:

ゲノミクスと分子生物学
エピジェネティクスと遺伝子調節

背景:

哺乳類の遺伝子発現は非コーディング要素に依存しているが,その機能や標的遺伝子はほとんど不明である.
これらの要素を理解することは生理学的プロセスや病気のメカニズムの解読に不可欠です

研究の目的:

遺伝子調節要素を発見し,その標的遺伝子を特定するための高通量CRISPR干渉 (CRISPRi) のアプローチを開発し,適用する.
重要な転写因子MYCとGATA1の近くの規制要素を調査する.

主な方法:

高通量スクリーニングのために,クラスタ化された定期間隔の短いパリンドロミックリピート (CRISPR) 干渉 (CRISPRi) を利用した.
MYCとGATA1の周辺で1メガベース以上の配列を評価した.
分析された染色体状態と染色体構成データ

主要な成果:

遺伝子発現と細胞増殖を調節する9つの遠隔増強剤を特定した.
定量的なクロマチンの特徴によって区別される7つの強化剤がMYCを調節することが判明した.
クロマチンとコンファメーションデータを基にエンハンサー・プロモーターの接続性を予測するための戦略を開発した.

結論:

CRISPRiベースのアプローチは規制要素とその標的遺伝子の発見に有効です
この方法は複雑な転写ネットワークを解剖することができます
ヒトの病気における非コード遺伝子の多様性の役割を解釈する方法を提示しています

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