Perturb-Seq:プールの遺伝子スクリーンのスケーラブル単細胞RNAプロファイリングによる分子回路の解剖
Atray Dixit1, Oren Parnas2, Biyu Li2
1Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA; Harvard-MIT Division of Health Sciences and Technology, Cambridge, MA 02139, USA.
Cell
|December 17, 2016
まとめ
この研究では,単細胞RNA配列とCRISPRの混乱を組み合わせたPerturb-seqを大規模遺伝子機能分析に導入しています. 複雑な細胞フェノタイプのスケーラブルな測定を可能にし,集団ゲノム研究を大幅に進める.
科学分野:
- ゲノミクス
- 分子生物学
- 免疫学
背景:
- 哺乳類の細胞の転写プロファイルのような複雑なフェノタイプを測定することは困難です.
- 遺伝子スクリーンは遺伝子機能の推論に不可欠ですが,複雑な読み取りの範囲は限られています.
研究 の 目的:
- 複合的なフェノタイプをプーリングされた遺伝的混乱を用いて測定するためのスケーラブルな方法を開発する.
- 哺乳類の細胞における遺伝子機能と相互作用の分析を可能にする.
主な方法:
- 単細胞RNAシーケンシング (RNA-seq) とCRISPRベースの混乱を統合したPerturb-seqの開発.
- 免疫細胞と細胞系を含む20万個の細胞を分析するために,Perturb-seqの適用.
- リポポリサカリド (LPS) に対する dendritic 細胞の反応を調節する転写因子に焦点を当てます.
主要な成果:
- Perturb-seqは 遺伝子ターゲット,シグネチャー,そして 変異によって影響を受ける 細胞状態を正確に特定します
- 遺伝子の相互作用を明らかにした
- 差別化,抗ウイルス反応,ミトコンドリア機能のレギュレータのための新しい機能が特定されました.
結論:
- Perturb-seqは,集団ゲノム解析の範囲を大幅に拡大しています.
- この方法は,高濃度測定を混乱効果,相互作用,セルメタデータに分解することを可能にします.
- 免疫活性化などの複雑な生物学的プロセスにおける 遺伝子機能の理解を深める
