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Updated: Feb 8, 2026

Pooled CRISPR-Based Genetic Screens in Mammalian Cells
Published on: September 4, 2019
マルチプレックスされた単細胞CRISPRスクリーニングプラットフォームは,展開されたタンパク質応答の体系的な解剖を可能にします
Britt Adamson1, Thomas M Norman1, Marco Jost2
1Department of Cellular & Molecular Pharmacology, University of California, San Francisco, San Francisco, CA 94158, USA; Howard Hughes Medical Institute, University of California, San Francisco, San Francisco, CA 94158, USA; California Institute for Quantitative Biomedical Research, University of California, San Francisco, San Francisco, CA 94158, USA; Center for RNA Systems Biology, University of California, San Francisco, San Francisco, CA 94158, USA.
Perturb-seqは,単細胞RNA配列とCRISPRの混乱を組み合わせることで,深い機能的ゲノミクスを可能にします. この方法は,展開されたタンパク質応答 (UPR) のような複雑な細胞反応を高精度で解剖します.
科学分野:
- ゲノミクス
- 分子生物学
- 細胞生物学
背景:
- 機能的ゲノミクスの研究は,しばしば,乱れの数と測定された現象型の複雑さとのトレードオフに直面する.
- 既存の方法は,波動分析のスケールと解像度を制限しています.
研究 の 目的:
- パートルブ・セクという新しい方法を開発し適用し,高通量パートルブ・スクリーニングと詳細なフェノタイプ化の間のギャップを埋める.
- 単一および組合せ CRISPR 干渉を使用して哺乳類の展開タンパク質応答 (UPR) を解剖する.
主な方法:
- Perturb- seqは,CRISPRの混乱に対するバーコード化戦略とドロップレットベースの単細胞RNAシーケンスを統合し,プールスクリーニングを可能にします.
- ERホメオスタシスを影響する遺伝子を特定するために,ゲノムスケールCRISPR干渉 (CRISPRi) スクリーンを実施した.
- 単細胞RNA配列分析は,多数の混乱の影響をプロファイルするために適用されました.
主要な成果:
- Perturb-seqは,UPRに関与する高精度の機能的なクラスタリングを可能にしました.
- 単細胞分析は,同じ混乱を経験する細胞内のUPRの分岐活性化を明らかにした.
- トランスロコンとIRE1αの間のフィードバックループを含む,UPRの分岐の微分活性化が発見されました.
結論:
- 単細胞解像度で UPRのような複雑な細胞経路を解剖する強力なツールです
- この研究は,ERホメオスタシスセンサーが 異なるストレスを監視する方法の洞察を提供します.
- この発見は,大規模な機能的ゲノミクスにおける Perturb-seq の有用性を強調しています.
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