ゲノムスケールの活性化画面は,遺伝子近隣を調節するlncRNAロクスを識別する

科学分野:

• ゲノミクス
• 分子生物学
• 癌 研究

背景:

• 哺乳類のゲノムには,細胞プロセスに関与する多数の長いノンコーディングRNA (lncRNA) 場所が含まれています.
• いくつかのlncRNAはトランスで作用するが,多くのものは近隣の遺伝子をシスで調節する.
• 機能的なlncRNAロシとそのメカニズムを特定することは依然として困難です.

研究 の 目的:

• 機能的な lncRNA ロキを特定するために,ゲノムスケールの CRISPR-Cas9 アクティベーションスクリーンを開発する.
• 薬剤耐性などの特定のフェノタイプに影響を与える非コーディングロキーを発見する.

主な方法:

• ゲノム全体のCRISPR-Cas9アクティベーションスクリーンで,10,000以上のlncRNAトランスクリプション開始部位をターゲットにしています.
• lncRNAの活性化時にメラノーマ細胞の表型分析
• 候補 lncRNA ロキの詳細な特徴,EMICERIを含む.

主要な成果:

• ヒトのメラノーマ細胞におけるBRAF阻害剤に対する抵抗を媒介する11のlncRNAロシを特定した.
• 特定された lncRNA ロキのほとんどは,近くの遺伝子の発現を調節しているようである.
• EMICERIの転写的活性化により,隣接する4つのタンパク質をコードする遺伝子が投与量に依存して活性化され,耐性が生じた.

結論:

• 開発されたCRISPR-Cas9アクティベーションスクリーンは,非コーディングロシウムの機能を発見するのに有効です.
• lncRNAは,薬剤耐性を含む遺伝子発現と細胞機能の調節に重要な役割を果たします.
• このアプローチは,非コーディングロシの体系的な機能的ゲノミクスのためのツールキットを提供します.