バイオチニル化dCas9によるクロマチン相互作用の局所捕獲
Xin Liu1, Yuannyu Zhang1, Yong Chen2
1Children's Medical Center Research Institute, Department of Pediatrics, University of Texas Southwestern Medical Center, Dallas, TX 75390, USA.
Cell
|August 26, 2017
まとめ
研究者らは,未知のタンパク質複合体と特定のゲノム部位でのDNA相互作用を特定するために,新しいCRISPR親和性浄化 (CAPTURE) メソッドを開発した. このアプローチは,シス調節要素が発達と疾患における遺伝子発現をどのように制御するかを明らかにします.
科学分野:
- ゲノミクス
- 分子生物学
- エピジェネティクス
背景:
- シス調節要素 (Cis-regulatory elements, CRE) は遺伝子調節に不可欠であるが,その分子構成はほとんど不明である.
- 既存の方法はしばしば相関性クロマチンの特徴に依存し,新しい調節因子の発見を制限しています.
研究 の 目的:
- 局所特有の染色体調節タンパク質複合体と長距離DNA相互作用を特定するための偏見のない方法を開発する.
- ヒトの発達と病気におけるCREsの組成と機能を調査する.
主な方法:
- バイオチニル化,ヌクレアース欠乏Cas9およびガイドRNAを用いた規制要素のCRISPR親和性浄化 (CAPTURE).
- 高解像度,単複製ゲノムロシにおけるクロマチンの相互作用の選択的分離.
- ヒトのテロメア,β- グロービン遺伝子増強剤,および疾患に関連したシス要素への適用
主要な成果:
- CAPTUREは既知のテロメア因子と新しいテロメア因子を成功裏に特定しました.
- 強化器のクラスタの構成に基づく階層的組織を示した.
- 発達と疾患における遺伝子の転写を因果的に制御するCREsの空間的特徴を明らかにした.
結論:
- CAPTUREのアプローチは,局所特有の規制構成の公正で包括的な分析のための強力なツールを提供します.
- この方法は ゲノム構造と機能に関する 機械的洞察力を提供し 発達と病気の理解に影響を与えます
