単細胞トランスクリプトーム解像度のドロソフィラ胚
Nikos Karaiskos1, Philipp Wahle2, Jonathan Alles1
1Systems Biology of Gene Regulatory Elements, Berlin Institute for Medical Systems Biology (BIMSB), Max Delbrück Center for Molecular Medicine in the Helmholtz Association (MDC), 13125 Berlin, Germany.
Science (New York, N.Y.)
|September 2, 2017
まとめ
研究者は単細胞配列と計算マッピングを使って 仮想3Dフルーツフライの胚モデルを作成しました このツールは 遺伝子発現パターンを視覚化して 発達過程と遺伝子調節を理解します
科学分野:
- 発達生物学
- コンピュータ生物学
- ゲノミクス
背景:
- * 初期のドロソフィラの胚形成には,何千もの細胞にわたる複雑な遺伝子発現パターンが含まれる.
- * 空間的な遺伝子の分布を理解することは,発達メカニズムを解読するために極めて重要です.
研究 の 目的:
- * 胚を再構成し,単細胞の空間的遺伝子発現を予測するための計算戦略を開発する.
- * 仮想胚モデルと遺伝子発現データを調査するためのインタラクティブデータベースを作成する.
主な方法:
- * ドロソフィラ胚の精確な段階の単細胞配列化
- * DistMap:空間再構築のためのコンピューティングマッピング戦略.
- 仮想表現エクスペローラー (DVEX) データベースの開発
主要な成果:
- * 細胞あたり約8000個の発現遺伝子を持つ仮想ドロソフィラ胚の再構築.
- * DVEXによる3D仮想インシトゥハイブリデーションと遺伝子発現グラデーションの生成
- * 転写因子, lncRNAs,およびシグナル伝達経路の構成要素の表現パターンを明らかにした.
結論:
- * アシンクロン細胞増殖の潜在的なメカニズムとして特定されたヒッポ信号の空間的調節.
- * 開発されたアプローチは,他の複雑な組織に適用できるトランスクリプトミック・ブループリントを提供します.
- * DVEXは,ドロソフィラの発達における空間的遺伝子発現を研究するための貴重なリソースとして機能します.
