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Protein Dynamics in Living Cells01:19

Protein Dynamics in Living Cells

1.9K
Different fluorescence-based techniques are used to study the protein dynamics in living cells. These techniques include FRAP, FRET, and PET.
Fluorescent recovery after photobleaching (FRAP) is a fluorescent-protein-based detection technique used to quantify protein movement rates within the cell. This method exposes a small portion of the cell to an intense laser beam. The laser beam causes permanent photobleaching of the fluorophore-tagged proteins in the exposed region. As the bleached...
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David van Dijk1, Roshan Sharma2, Juozas Nainys3

  • 1Program for Computational and Systems Biology, Sloan Kettering Institute, Memorial Sloan Kettering Cancer Center, New York, NY, USA.

Cell
|July 3, 2018
PubMed
まとめ
この要約は機械生成です。

脱落のような単細胞RNA配列の技術的なノイズが 遺伝子の関係を隠しています MAGIC (細胞のマルコフ親和基グラフ推算) は,データ拡散を使用して,欠落したトランスクリプトを否定し,生物学的洞察を明らかにします.

キーワード:
EMT について算定するマニホールド・ラーニング規制ネットワーク単細胞RNAシーケンシング

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科学分野:

  • 計算生物学
  • ゲノミクス
  • バイオ情報学

背景:

  • 単細胞RNAシーケンシング (scRNA-seq) は,細胞の異質性を理解するために重要である.
  • テクニカルノイズ,特に"ドロップアウト" (mRNAのアンダーサンプリング) は,scRNA-seqデータ品質を制限し,遺伝子間の関係を遮断する.
  • scRNA-seqデータの正確な分析は,細胞状態と調節ネットワークの発見に不可欠です.

研究 の 目的:

  • scRNA-seqデータを消去し,欠けている遺伝子発現値を割り当てるための計算方法を開発する.
  • 技術的なノイズの課題に対処し,真の生物学的信号の回復を改善します.
  • 騒々しいscRNA-seqデータから遺伝子-遺伝子関係と細胞連続体の発見を可能にします.

主な方法:

  • MAGIC (細胞のマルコフ親和性ベースのグラフ割り算) を開発し,新しい割り算方法である.
  • 同様の細胞間で情報を共有するためにデータ拡散を使用し,効果的に細胞数行列を否定します.
  • エピテリアからメゼンキマへの移行を含む様々な生物系にこの方法を適用した.

主要な成果:

  • MAGICは,scRNA-seqデータを効果的に否定し,欠けているトランスクリプトを代入し,遺伝子間の関係を回復します.
  • この方法は,表皮細胞からメゼンキマ細胞への移行における現象的連続性を明らかにし,中間の幹細胞のような状態を強調する.
  • MAGICは,実験的な混乱を必要とせずに,既知のおよび新しい調節相互作用を成功裏に推論します.

結論:

  • MAGICは,scRNA-seqデータの品質を向上させ,生物学的洞察を明らかにするための強力な計算ツールです.
  • この方法は,騒々しい単細胞データから複雑な細胞状態と規制ネットワークの識別を容易にする.
  • MAGICは,観察のscRNA-seqデータから生物学的メカニズムを明らかにする計算アプローチの可能性を実証しています.