マウスの免疫システムのシス調節アトラス
Hideyuki Yoshida1, Caleb A Lareau2, Ricardo N Ramirez3
1Department of Immunology, Harvard Medical School, Boston, MA, USA; YCI Laboratory for Immunological Transcriptomics, RIKEN Center for Integrative Medical Sciences, Kanagawa, Japan.
Cell
|January 29, 2019
まとめ
研究者はマウスの免疫系におけるシス調節要素をマッピングし,増強剤やプロモーターによって制御される2つの遺伝子クラスを明らかにした. このアトラスは免疫細胞の分化と 遺伝子調節を理解するのに役立ちます
科学分野:
- ゲノミクス
- 免疫学
- 分子生物学
背景:
- 臓器系における転写制御を解読するには,シス調節要素を理解することが重要です.
- これらの要素のダイナミックな活動が 細胞の分化と機能の基礎となっている.
研究 の 目的:
- ネズミの免疫系全体における cis 調節要素とその活動に関する包括的な地図を作成する.
- 免疫細胞の分化と機能の転写的基礎を解明する.
主な方法:
- 86種類のマウスの原始免疫細胞から 配列されたエピジェノームとトランスクリプトームデータを生成した.
- 変数成分分析と複数の回帰を用いて,遺伝子を規制要素と関連付けました.
- ゲノム全体のクロマチンのアクセシビリティに関連する転写因子 (TF) 表現と,ChIP-seqで検証された結果.
主要な成果:
- 強化剤駆動型と プロモーター駆動型という 2つの異なる種類の遺伝子を特定した.
- 特定の遺伝子を 増強剤と結びつけました
- クロマチン開閉剤として分類されたTFは,機能的に重要なシス調節要素を特定します.
結論:
- シス調節アトラスは,免疫分化中の転写調節に関する広範な情報を提供します.
- このリソースは,免疫学的ゲノムにおける重要な規制イベントの定義の基礎として機能する.
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