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RNA-seq

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RNA sequencing, or RNA-Seq, is a high-throughput sequencing technology used to study the transcriptome of a cell. Transcriptomics helps to interpret the functional elements of a genome and identify the molecular constituents of an organism. Additionally, it also helps in understanding the development of an organism and the occurrence of diseases.
Before the discovery of RNA-seq, microarray-based methods and Sanger sequencing were used for transcriptome analysis. However, while...

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単細胞解像度での大量複合化学トランスクリプトミクス

Sanjay R Srivatsan^1,2, José L McFaline-Figueroa¹, Vijay Ramani^1,3

¹Department of Genome Sciences, University of Washington, Seattle, WA, USA.

Science (New York, N.Y.)

|December 7, 2019

まとめ

この要約は機械生成です。

sci-Plexを開発しました核ハッシュを使って単細胞の成語反応を何千もの化学化合物に対して分析しますこのアプローチは,詳細な細胞反応と複合家族類似性を明らかにし,薬物スクリーニング能力を向上させます.

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Multiplexed Single Cell mRNA Sequencing Analysis of Mouse Embryonic Cells

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Published on: January 7, 2020

科学分野:

単細胞ゲノム
化学生物学
薬物の発見

背景:

伝統的な高通量化学スクリーンは薬のメカニズムと細胞の反応について限られた洞察を提供します
化合物に対する異質な細胞反応を理解することは効果的な薬の開発に不可欠です

研究の目的:

化学的混乱に対する転写反応の高解像度分析のための新しい方法,sci-Plexを導入する.
シングル・セル・トランスクリプトームデータのプロファイリングにおける sci-Plexの能力を実証する.

主な方法:

シングル・セル RNA シーケンシングの核ハッシュを利用した sci-Plex の開発と応用.
3つの癌細胞系を188の化合物に対してスクリーニングし,約65万個の単細胞トランスクリプトームを生成します.
複写プロフィールの分析により,化合物特異的および家族に関連する細胞応答を特定する.

主要な成果:

Sci-Plexは単細胞解像度で1つの実験で約5000個の独立したサンプルをプロファイリングすることを可能にしました.
個々の化合物に対する細胞の反応において有意な細胞間異質性が確認された.
複合家族に対する反応の共通点と家族内の差異的な効果を明らかにした.

結論:

Sci-Plexは前例のないスケールと解像度で化学物質への複雑な細胞反応を分解するための強力なプラットフォームを提供します
薬のメカニズムや標的外効果パーソナライズド医療について新たな洞察を得ました
ヒストン減塩酵素阻害剤の結果は,癌細胞におけるアセテート貯蔵庫としてのクロマチンの役割を示唆する.