ヒトがんにおける変異シグネチャー
Ludmil B Alexandrov1, Jaegil Kim2, Nicholas J Haradhvala2,3
1Department of Cellular and Molecular Medicine, Department of Bioengineering, Moores Cancer Center, University of California, San Diego, CA, USA.
ガンゲノムは様々なプロセスから 変異を蓄積し それぞれ独特のサインを残します この研究は数千の癌ゲノムに 81の異なる変異シグネチャーを特定し 暴露とDNA修復の欠陥との関係を明らかにしました
科学分野:
- ゲノミクス
- 癌 生物学
- 変異シグネチャー
背景:
- 癌の体内変異は 異なった変異過程から生じる.
- それぞれのプロセスは 特徴的な変異のサインを生成します
- これらのサインを理解することは 癌の研究に不可欠です
研究 の 目的:
- ヒトがんゲノムの大規模なデータセットの変異シグネチャーを特徴付ける.
- 新しいサインを特定し,既存のサインを改良する.
- 曝露とDNA維持プロセスとサインを関連付ける
主な方法:
- 4,645の全ゲノムと19,184のエクソムの配列から84,729,690の体内の変異を分析した.
- 全ゲノム全がん分析コンソーシアム (PCAWG) のデータを活用した.
- シングルベース,ダブルベース,クラスターベース,インデルシグネチャーを特定した.
主要な成果:
- 49の単基置換,11の二基置換,4の集群置換,そして17の小さな挿入-削除シグネチャを発見した.
- 大規模なデータセットは,重複するシグネチャを分離し,基本的なメカニズムに分解することを可能にしました.
- 外因性/内因性曝露と欠陥DNA維持に関連するシグネチャー
結論:
- この包括的な分析は,ヒトの癌における変異過程の体系的な見方を提供します.
- 原因不明の変異痕跡を 特定した
- この発見は,がんの発達と潜在的な治療目標の理解に寄与する.
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