アラビドプシスのプロテオームの質量スペクトロメトリーベースの草稿
Julia Mergner1, Martin Frejno1, Markus List2
1Chair of Proteomics and Bioanalytics, Technical University of Munich (TUM), Freising, Germany.
Nature
|March 20, 2020
まとめ
この研究では アラビドプシス・タリアナの植物プロテオームと フォスフォプロテオームをマッピングし 30の組織にわたる 1万8000以上のタンパク質と 4万3000のリン酸化部位を明らかにしました この定量アトラスは,植物における遺伝子発現とタンパク質の調節を理解するのに役立ちます.
科学分野:
- 植物生物学
- 分子生物学
- プロテオミクス
背景:
- 植物には驚くべき分子多様性があり 生命にとって不可欠です
- 植物分子能力を理解するには 遺伝子発現とタンパク質の機能に関する包括的なデータが必要です
研究 の 目的:
- トランスクリプトーム,プロテオーム,フォスフォプロテオームの定量アトラスをモデル植物アラビドプシス・タリアナの30の組織のために作成する.
- 遺伝子およびタンパク質発現レベル,局所化,および翻訳後の改変に関する洞察を提供する.
主な方法:
- トランスクリプトーム,プロテオーム,およびフォスフォプロテオームの定量分析.
- モデル植物アラビドプシス・タリアナを 30の異なる組織で利用しました
- バイオ情報分析とデータ統合
主要な成果:
- アラビドプシス・タリアナで発現する1万8千以上のタンパク質の特定
- ダイナミックレンジの6桁を超えるタンパク質発現の特徴化
- 4万3千以上のリン酸化部位のマッピングにより,広範囲にわたる翻訳後の調節が示されています.
結論:
- 作成されたアトラスは,植物科学の研究のための基礎的なリソースを提供します.
- このデータは新しいタンパク質や 調節モチーフやシグナル伝達経路の発見を可能にします
- インタラクティブなデータベース (ProteomicsDB,ATHENA) は,アラビドプシスのプロテオミックおよびフォスフォプロテオミックデータを調査するためのツールを提供します.
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