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Labeling DNA Probes03:31

Labeling DNA Probes

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DNA probes are fragments of DNA labeled with a reporter tag to enable their detection or purification. The resulting labeled DNA probes can then hybridize to target nucleic acid sequences through complementary base-pairing, and may be used to recover or identify these regions.
Radioisotopes, fluorophores, or small molecule binding partners like biotin or digoxigenin, are the most widely used reporter tags for labeling DNA probes. These labels can be attached to the probe DNA molecule via...
7.8K
Southern Blot02:57

Southern Blot

15.0K
Agarose gel electrophoresis is very useful in separating DNA fragments by size. Running a DNA ladder containing fragments of the known length alongside the sample helps determine the approximate length of the sample DNA fragments. However, additional steps are needed to verify the sequence identity of the sample DNA fragments.
Denatured DNA fragments must be transferred onto a carrier membrane from the gel to make it accessible to a probe - a small ssDNA fragment complementary to the target DNA...
15.0K
In-situ Hybridization02:31

In-situ Hybridization

9.2K
In situ hybridization (ISH) is a technique used to detect and localize specific DNA or RNA molecules in cells, tissue, or tissue sections using a labeled probe. The technique was first used in 1969 for the investigation of nucleic acids. It is currently an essential tool in scientific research and clinical settings, especially for diagnostic purposes.
Types of probes and labels
A probe is a complementary strand of DNA or RNA that binds to corresponding nucleotide sequences in a cell. Many...
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  • 1Department of Cell and Molecular Biology, Science for Life Laboratory, Uppsala University, Uppsala, Sweden.

Nature
|June 26, 2020
PubMed
まとめ

個々のラック・レプレッサー (LacI) タンパク質は,DNAに沿って滑り,しばしば溝の間を飛び回ります. このスライディングメカニズムは DNA検索のスピードを上げますが 標的の配列をバイパスして 速度と精度の両方を明らかにします

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科学分野:

  • 分子生物学
  • バイオ物理学
  • 遺伝学

背景:

  • 特定のDNA配列を結合するタンパク質は,3Dの拡散と1Dの非特定のDNAのスライディングを利用する.
  • この1次元スライディングのダイナミクスを理解することは ゲノム探査の理解に不可欠です

研究 の 目的:

  • 1Dスライディング中の個々のラック・レプレッサー (LacI) 分子のDNA探索ダイナミクスを特徴づける.
  • DNAでラシルの回転運動と の動きを調査する

主な方法:

  • 微秒の時間スケールでLacI回転を監視するために,光相関スペクトロスコーピー (SMCT-FCS) と組み合わせたリアルタイム単分子コンフォカルレーザー追跡を使用した.
  • シングル分子光共振エネルギー転送 (smFRET) を使用して,シーケンスバイパスイベントを直接観察します.

主要な成果:

  • LacIは,回転結合のスライディングを示し,回転毎に約40のベースペア (bp) を通過し,DNAの螺旋ピッチを超えています.
  • 観測されたLacIは,200〜700μs毎に1〜2つの溝 (10〜20pb) をジャンプし,標的部位を頻繁にバイパスすることを示しています.
  • 弱い非特異的なタンパク質-DNA相互作用によるスライド速度と検索精度の間のトレードオフが示されました.

結論:

  • 1次元スライディングメカニズムは 頻繁にグルーブ・ホッピングを伴う 探査速度と潜在的標的のバイパスにバランスをとる
  • 開発されたSMCT-FCS技術は,生物学的相互作用におけるマイクロ秒時間スケールの分子ダイナミクスを調査するための強力なツールを提供します.