自己報告型トランポゾンは,単細胞における遺伝子発現と転写因子の結合を同時に読み出すことを可能にします
Arnav Moudgil1, Michael N Wilkinson2, Xuhua Chen2
1Department of Genetics, Washington University School of Medicine in St. Louis, St. Louis, MO 63110, USA; Edison Family Center for Genome Sciences and Systems Biology, Washington University School of Medicine in St. Louis, St. Louis, MO 63110, USA; Medical Scientist Training Program, Washington University School of Medicine in St. Louis, St. Louis, MO 63110, USA.
単細胞通話カード (scCC) を開発して 個々の細胞の転写因子結合部位 (TFBS) をマッピングしました この新しい方法は,細胞のアイデンティティとTFBSを結びつけ,複雑な組織における遺伝子調節の研究を進めています.
科学分野:
- 分子生物学
- ゲノミクス
- 細胞生物学
背景:
- 細胞の異質性は,転写因子 (TF) 結合の局所分析を複雑にする.
- 現在の単細胞RNAシーケンシング (scRNA-seq) 方法は,細胞タイプを特定できますが,特定のTF結合部位 (TFBS) との細胞同一性をリンクすることはできません.
研究 の 目的:
- 単細胞でのTFBSの遺伝子発現とマッピングを同時に行う新しい測定法を開発する.
- 細胞のアイデンティティとTFの結合を in situ 関連付ける方法を確立する.
主な方法:
- mRNAから回収できる自己報告トランポゾン (SRT) の開発.
- TFBSをマッピングするために,SRTとTF-トランスポゼ融合を統合する.
- scRNA-seqとSRTマッピングを組み合わせた単細胞呼び出しカード (scCC) 測定の適用,同時に遺伝子発現とTFBS分析を行う.
主要な成果:
- scCCの複数のTFとのベンチマークは,その有効性を示した.
- scCCを用いたK562細胞におけるBRD4媒介細胞状態移行の発見.
- 単細胞解像度でのマウス皮質のBRD4結合部位のマッピング.
結論:
- 単細胞電話カード (scCC) は,TF生物学を現地で研究するための強力な新しい方法を提供します.
- scCC測定法により,細胞タイプとその関連TFBSを同時に特定できます.
- この技術は単細胞レベルで 遺伝子調節と細胞状態のダイナミクスを理解するための 新しい道を開きます
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