マウスの胎児発達におけるダイナミッククロマチンの風景のアトラス

David U Gorkin^1,2, Iros Barozzi^3,4, Yuan Zhao^1,5

¹Ludwig Institute for Cancer Research, La Jolla, CA, USA.

Nature

|July 31, 2020

まとめ

ネズミのENCODEプロジェクトでは,胎児の発達におけるクロマチンの状態とアクセシビリティをマッピングしました. このゲノム資源はダイナミックな遺伝子調節を明らかにし遺伝的変異をヒトの病気と結びつけています

科学分野:

ゲノミクス
発達生物学
エピジェネティクス

背景:

DNA要素の百科事典 (ENCODE) プロジェクトは,重要なゲノムデータを提供しています.
哺乳類の胎児の発達を理解するには詳細な分子プロフィールが必要です

研究の目的:

発達中のマウスの胎児におけるクロマチンの状態とアクセシビリティを体系的に検査する.
哺乳類の開発のための包括的なゲノムリソースを作成します.

主な方法:

ヒストン改変のシーケンシング (ChIP-seq) による1,128のクロマチンの免疫沈殿検査を行った.
染色体アクセシビリティのシーケンシング (ATAC-seq) アッセイを用いて染色体アクセシビリティの測定を行った.
72の異なる組織段階の統合分析を用いた.

主要な成果:

統合されたクロマチン状態の注釈を開発し,動的増強剤と転写調節剤を特定した.
発達遺伝子調節におけるクロマチンの状態とアクセシビリティの関係を特徴づけた.
増強剤を標的遺伝子とリンクし,疾患に関連した変異の組織特異的増強を発見した.

結論:

ネズミのENCODEデータセットは,哺乳類の胎児発達のクロマチンのダイナミクスに関する包括的な見解を提供します.
このリソースは,生物医学の研究者が発達遺伝子調節と疾患関連性を研究するのに役立ちます.

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