イギリスのバイオバンクにおける49,960人のエクソムのシーケンシングと特徴付け
Cristopher V Van Hout1, Ioanna Tachmazidou2,3, Joshua D Backman4
1Regeneron Genetics Center, Tarrytown, NY, USA. cristopher.vanhout@regeneron.com.
Nature
|October 22, 2020
まとめ
イギリスのバイオバンクは,約5万人の参加者のエクソーム配列データを公開し,多くの機能喪失 (LOF) 変異を含む何百万ものコーディング変異を特定しました. このデータセットは,疾患との新しい遺伝的関連と,個体の2%で実行可能な変異を明らかにしています.
科学分野:
- ゲノミクス
- 人口の健康
- 遺伝的流行病学
背景:
- UK Biobankは,広範な現象型と遺伝子型データを備えた大規模な前向きな研究です.
- ヒトの病気を理解するために,包括的な遺伝子データへのアクセスが不可欠です.
- 以前のデータリリースでは,推定された配列データが提供され,稀な変異の発見が制限されました.
研究 の 目的:
- 最初の49,960人の英国バイオバンク参加者のエクソーム配列データの公開について説明します.
- このコホート内のコード化変種,特に機能喪失 (LOF) 変種を特徴付ける.
- 様々な表型と医学的に有効な変異体との遺伝的関連を特定するためのエクソームシーケンシングデータの有用性を実証する.
主な方法:
- イギリスのバイオバンク参加者49,960人のDNAの全エクソーム配列解析
- 予測される機能喪失 (LOF) 変種を含むコード化変種の識別と注釈
- LOFの変種と1,730のフェノタイプとの関連分析と,医学的に行動可能な変種の調査.
主要な成果:
- エキゾーム配列データを公開し,約400万のコード化変種を明らかにし,198,000以上のLOF変種が予測されています.
- 遺伝子の97%以上は少なくとも1つのLOF変異のキャリアを持ち,69%は少なくとも10のキャリアを持っていた.
- 静脈 (PIEZO1),角膜抵抗 (COL6A1),骨密度 (MEPE) および血液細胞の特徴 (IQGAP2,GMPR) を含む特性に新しいLOF変異の関連性が見つかった.
- 人口の2%が医学的に対応可能な変異体を持ち,BRCA1/BRCA2変異体の癌の浸透性を特徴づけている.
結論:
- エクソーム配列データリリースにより,大量の集団におけるコード化変異,特にLOF変異のカタログが著しく拡張される.
- このデータセットは,新しい疾患に関連する変異を含む,遺伝子型-フェノタイプ関連性の強力な発見を可能にします.
- これらの発見は,医学的に実行可能な遺伝情報を特定し,疾患の浸透度を理解するために,集団研究におけるエクソーム配列化の価値を強調しています.
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