共有した単細胞のRNAとクロマチンのプロファイリングによって識別されたクロマチンの潜在能力
Sai Ma1, Bing Zhang2, Lindsay M LaFave3
1Klarman Cell Observatory, Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA; Department of Biology and Koch Institute, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA 02142, USA; Department of Stem Cell and Regenerative Biology, Harvard University, Cambridge, MA 02138, USA.
SHARE-seqという 単細胞でのクロマチンのアクセシビリティと 遺伝子発現を測定する方法を開発しました この技術は,クロマチンの変化が細胞の運命決定に先行し,細胞の分化を理解するのに役立ちます.
科学分野:
- ゲノミクス
- エピジェネティクス
- 細胞生物学
背景:
- 細胞の分化には,クロマチンのアクセシビリティを含む複雑な遺伝子調節が含まれています.
- 規制イベントの時間順序を理解することは極めて重要ですが,非同期的な差異化のために困難です.
研究 の 目的:
- 単細胞におけるクロマチンのアクセシビリティと遺伝子発現を同時に測定するためのスケーラブルな方法を開発する.
- 細胞系統のコミットメント中のクロマチンの変化と遺伝子発現の間の時間的関係を調査する.
主な方法:
- 配列化 (SHARE-seq) による高通量ATACとRNAの同時発現が開発されました.
- シス調節相互作用を特定し,調節性クロマチン (DORC) のドメインを定義するために計算戦略が採用されました.
- マウスの皮膚組織から 34,774 の関節プロフィールの分析.
主要な成果:
- SHARE-seqは,単細胞でのクロマチンのアクセシビリティと遺伝子発現の同時測定を可能にします.
- 調節性クロマチン (DORCs) のドメインが特定され,スーパーエンハンスターと重複することが判明した.
- クロマチンのアクセシビリティの変化は,遺伝子の発現に先行する.
結論:
- クロマチンのアクセシビリティの変化は,系統のコミットメントのために細胞をプライムすることができます.
- クロマチンポテンシャルは,系統プリミングの尺度として計算的に推論された.
- SHARE-seqは様々な組織における規制回路を研究するための汎用的なプラットフォームです.
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