組織内の決定的バーコードによる高空間解像度マルチオミックシーケンシング
Yang Liu1, Mingyu Yang1, Yanxiang Deng1
1Department of Biomedical Engineering, Yale University, New Haven, CT 06520, USA; Yale Stem Cell Center and Yale Cancer Center, Yale School of Medicine, New Haven, CT 06520, USA.
Cell
|November 14, 2020
まとめ
空間的なオミックスのシーケンシング (DBiT-seq) のための組織内の決定的バーコードは,固定された組織内のmRNAとタンパク質の同時マッピングを可能にします. この技術は,多様な生物学的研究アプリケーションのための高解像度の空間オミクスデータを提供します.
科学分野:
- 空間オミックス
- 分子生物学
- ゲノミクス
背景:
- 空間オミクス技術は,組織構造と細胞の異質性を理解するために不可欠です.
- 複数のバイオ分子 (例えばmRNAやタンパク質) を高解像度で同時にマッピングすることは依然として課題です.
研究 の 目的:
- 固定された組織スライドのmRNAとタンパク質の共同マッピングのために,空間的なオミックスのシーケンシング (DBiT-seq) のための新しい方法,組織内の決定的バーコードを開発する.
- 次世代シーケンシング (NGS) を使用した高解像度空間トランスクリプトミクスとプロテオミクスを可能にします.
主な方法:
- DBiT-seqは,並列の微流体チャネルを使用して,DNAバーコードを組織スライド表面に届けます.
- 2つのバーコードセット (AとB) の順次配送と現地結合により,各組織ピクセルごとにユニークな2Dバーコードが作成されます.
- 次世代シーケンシング (NGS) は,空間オミックスデータの読み出しに使用されます.
主要な成果:
- DBiT-seqは,フォーマルデヒドで固定されたマウスの胚組織におけるmRNAとタンパク質を成功裏にマッピングした.
- 高解像度マッピングは 臓器形成の際に主要な組織型と 微小血管や色素の付皮のような微細な構造を明らかにしました
- 単細胞トランスクリプトームでクラスタ化された10μmピクセルからの遺伝子発現プロファイルで,細胞タイプと空間分布の迅速な識別が可能です.
結論:
- DBiT-seqは,マイクロ流体学の専門知識のない研究者にアクセス可能な,空間オミクスのためのユーザーフレンドリーなアプローチを提供します.
- このテクニックは発達生物学,がん生物学,神経科学,臨床病理学で広く応用されています.
- DBiT-seqは,統合されたマルチオミクス分析を現地で可能にすることで,空間生物学の分野を前進させています.
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