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RNA-seq03:21

RNA-seq

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RNA sequencing, or RNA-Seq, is a high-throughput sequencing technology used to study the transcriptome of a cell. Transcriptomics helps to interpret the functional elements of a genome and identify the molecular constituents of an organism. Additionally, it also helps in understanding the development of an organism and the occurrence of diseases. 
Before the discovery of RNA-seq, microarray-based methods and Sanger sequencing were used for transcriptome analysis. However, while...
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Next-generation Sequencing03:00

Next-generation Sequencing

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The first human genome sequencing project cost $2.7 billion and was declared complete in 2003, after 15 years of international cooperation and collaboration between several research teams and funding agencies. Today, with the advent of next-generation sequencing technologies, the cost and time of sequencing a human genome have dropped over 100 fold.
Next-Generation Sequencing Methods
Although all next-generation methods use different technologies, they all share a set of standard features....
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Sanger Sequencing01:57

Sanger Sequencing

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DNA sequencing is a fundamental technique that is routinely used in the biological sciences. This method can be applied to a range of questions at different scales - from the sequencing of a cloned DNA fragment or the study of a mutation in a gene up to whole-genome sequencing. However, despite the widespread use of sequencing today, it was not until 1977 that Fredrick Sanger and his collaborators developed the chain-termination method to decode DNA sequences. It relies on the separation of a...
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組織内の決定的バーコードによる高空間解像度マルチオミックシーケンシング

Yang Liu1, Mingyu Yang1, Yanxiang Deng1

  • 1Department of Biomedical Engineering, Yale University, New Haven, CT 06520, USA; Yale Stem Cell Center and Yale Cancer Center, Yale School of Medicine, New Haven, CT 06520, USA.

Cell
|November 14, 2020
PubMed
まとめ
この要約は機械生成です。

空間的なオミックスのシーケンシング (DBiT-seq) のための組織内の決定的バーコードは,固定された組織内のmRNAとタンパク質の同時マッピングを可能にします. この技術は,多様な生物学的研究アプリケーションのための高解像度の空間オミクスデータを提供します.

キーワード:
高い空間解像度インサイトバーコードマウスの胚次世代シーケンシング空間マルチオミクス

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科学分野:

  • 空間オミックス
  • 分子生物学
  • ゲノミクス

背景:

  • 空間オミクス技術は,組織構造と細胞の異質性を理解するために不可欠です.
  • 複数のバイオ分子 (例えばmRNAやタンパク質) を高解像度で同時にマッピングすることは依然として課題です.

研究 の 目的:

  • 固定された組織スライドのmRNAとタンパク質の共同マッピングのために,空間的なオミックスのシーケンシング (DBiT-seq) のための新しい方法,組織内の決定的バーコードを開発する.
  • 次世代シーケンシング (NGS) を使用した高解像度空間トランスクリプトミクスとプロテオミクスを可能にします.

主な方法:

  • DBiT-seqは,並列の微流体チャネルを使用して,DNAバーコードを組織スライド表面に届けます.
  • 2つのバーコードセット (AとB) の順次配送と現地結合により,各組織ピクセルごとにユニークな2Dバーコードが作成されます.
  • 次世代シーケンシング (NGS) は,空間オミックスデータの読み出しに使用されます.

主要な成果:

  • DBiT-seqは,フォーマルデヒドで固定されたマウスの胚組織におけるmRNAとタンパク質を成功裏にマッピングした.
  • 高解像度マッピングは 臓器形成の際に主要な組織型と 微小血管や色素の付皮のような微細な構造を明らかにしました
  • 単細胞トランスクリプトームでクラスタ化された10μmピクセルからの遺伝子発現プロファイルで,細胞タイプと空間分布の迅速な識別が可能です.

結論:

  • DBiT-seqは,マイクロ流体学の専門知識のない研究者にアクセス可能な,空間オミクスのためのユーザーフレンドリーなアプローチを提供します.
  • このテクニックは発達生物学,がん生物学,神経科学,臨床病理学で広く応用されています.
  • DBiT-seqは,統合されたマルチオミクス分析を現地で可能にすることで,空間生物学の分野を前進させています.