単細胞RNA配列解析によるヒト肺の分子細胞アトラス
Kyle J Travaglini1,2, Ahmad N Nabhan1,2,3, Lolita Penland4,5
1Department of Biochemistry, Howard Hughes Medical Institute, Stanford University School of Medicine, Stanford, CA, USA.
Nature
|November 19, 2020
まとめ
研究者は単細胞RNA配列解析を用いて 総合的なヒト肺細胞アトラスを作成した. このアトラスは58種類の細胞をマップし 機能や相互作用 そして病気や進化における役割を明らかにしています
科学分野:
- ゲノミクス
- 細胞生物学
- アナトミー
背景:
- 単細胞RNAシーケンシング (scRNA-seq) は細胞発現プロファイルを生成しているが,臓器全体のアトラスのための体系的な識別と局所化は欠けている.
- 個々の臓器の完全な 分子細胞アトラスを作成することは まだ課題です
研究 の 目的:
- ヒトの肺の分子細胞アトラスを構築する
- ヒトの肺内の全ての分子細胞タイプを 系統的に特定し 局所化する.
主な方法:
- 約75,000人の肺と血液細胞のドロップレットとプレートベースの単細胞RNA配列を解析した.
- 全面的な分析のために多角的なセルアノテーションのアプローチを使用しました.
主要な成果:
- ヒト肺の58の異なる細胞集団の遺伝子発現プロファイルと解剖学的位置を定義した.
- 41の既知の細胞型と 14の未知の細胞型を特定した.
- 細胞機能を特徴づけ,転写因子/マーカーを特定し,シグナル相互作用を予測し,疾患遺伝子やウイルスによって影響を受ける細胞タイプを特定した.
結論:
- ヒトの肺細胞アトラスは 細胞のアイデンティティ,機能,発達,病気,進化における相互作用を理解するための 分子基盤を提供します.
- マウスデータとの比較分析により,肺細胞のタイプと遺伝子発現の可塑性における進化的変化が明らかになった.
