CiBER-seqは,表現フェノタイプの定量的なCRISPRiプロファイリングによって遺伝ネットワークを解剖する
Ryan Muller1, Zuriah A Meacham1, Lucas Ferguson1
1Department of Molecular and Cell Biology, University of California, Berkeley, Berkeley, CA 94720, USA.
Science (New York, N.Y.)
|December 11, 2020
まとめ
私たちは CiBER-seqを開発し ゲノム全体にわたる 遺伝子機能を測定しました このCRISPR干渉 (CRISPRi) メソッドは 遺伝子の乱れを特定の分子結果と結びつけ 遺伝子のネットワーク解剖を進めます
科学分野:
- 分子生物学
- 遺伝学
- システム生物学
背景:
- CRISPR-Cas9技術は全ゲノムの遺伝子スクリーンを可能にしますが,分子フェノタイプを定量化することは依然として課題です.
- 既存の方法では 特定の遺伝子の乱れを 大規模な図書館で 精密な分子結果と結びつけるのに苦労しています
- 複雑な生物学的経路を理解するには 複数の分子レベルを同時に 分析できるツールが必要です
研究 の 目的:
- 分子フェノタイプの全ゲノムプロファイリングのための新しい方法,CiBER-seqを開発し,検証する.
- CRISPR干渉 (CRISPRi) の遺伝的混乱を転写,転写,および転写後のレポーター出力に結びつける.
- CiBER-seqを適用して,酵母における統合ストレス反応 (ISR) 経路を解剖する.
主な方法:
- CRISPR干渉 (CRISPRi) とバーコード表現レポーターシーケンシング (CiBER-seq) が使用されました.
- 多くの遺伝的混乱を同時にスクリーニングすることができました.
- 転写,転写および転写後のレポーター遺伝子発現は,バーコード配列化によって定量化されました.
主要な成果:
- CiBER- seqは,酵母における既知の統合ストレス反応 (ISR) 経路を成功裏に再現した.
- 無荷転移RNA (tRNA) の蓄積につながる遺伝的混乱がISRレポーター転写を活性化することが示された.
- この研究では,正規のセンサとは無関係なtRNA不全を含むISR活性化のための新しいトリガーを特定しました.
結論:
- CiBER-seqは 複雑な遺伝子ネットワークを 解剖するための強力で広く適用可能なツールです
- この方法は,ゲノム全体の遺伝的混乱から分子フェノタイプを正確に包括的にプロファイリングすることを可能にします.
- このアプローチは,ISR経路に関する新しい洞察によって示される遺伝子機能と経路の調節に関する理解を前進させます.
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